В январе 1944 г. Кожин встречался с сотрудником Совета по делам РПЦ Митиным и просил передать председателю Совета по делам Русской православной церкви Георгию Григорьевичу Карпову, что «своим 20-ти летним существованием обновленческая церковь вела работу, сводящуюся, в конечном счёте, к изъятию реакционных элементов тихоновской церкви…» В том же на одной из очередных встреч с уполномоченным по делам РПЦ Василию Кожину было прямо указано на необходимость его перехода в патриаршую церковь, но тот пожелал принести покаяние только при условии сохранения за ним руководства над приходами Ставрополя: «Я, конечно, не возражал бы, тем более не возражал, если бы остался руководителем патриарших Церквей г. Ставрополя… Но если это будет в интересах государства, то есть наш переход в патриаршество, то я готов это сделать хоть сегодня». 1 февраля 1945 г. принёс покаяние и принят в общение с Московской патриархией в сане протоиерея; покаяние принимал архиепископ Ставропольский и Бакинский Антоний (Романовский). Был назначен настоятелем церкви архангела Михаила в Грозном и благочинным церквей Грозненской области. Благодаря его участию к Ставропольской епархии Московского патриархата присоединилось 50 ранее приходов Северокавказской обновленческой митрополии. 25 октября 1945 г. архиепископом Антонием разведён с женой (согласно некрологу в ЖМП, «овдовел»). 1 ноября 1945 г. архимандритом Иоанном (Мирожниковым) был пострижен в монашество с именем Гермоген, 1 февраля 1946 г. возведён в сан архимандрита. 16 февраля 1946 г. в зале заседаний Священного Синода наречён во епископа Казанского и Чистопольского. 18 февраля 1946 г. рукоположён в Воскресенской церкви в Брюсовом переулке; хиротонию совершали патриарх Алексий I (Симанский; 1945–1970 гг.), епископы Можайский Макарий (Даев) и Кировоградский Сергий (Ларин). Осенью 1947 г. назначен ректором Московской духовной академии и Московской духовной семинарии, с сохранением за ним управления Казанской епархией; а академии читал курс истории западных исповеданий. Епископу Казанскому Гермогену (Кожину) было поручено подготовить перевод Московских духовных школ в Лавру, что и планировалось осуществить к следующему учебному году. Причиной задержки их переезда в Троице-Сергиеву лавру послужило обветшавшие состояние зданий, переданных Московской патриархии. Епископ Гермоген принимал активное участие в восстановительных работах путём руководства и их организации. В мае 1948 г. на Пасху возведён в сан архиепископа. На Совещании глав и представителей поместных православных церквей в июле 1948 г., приуроченном к 500-летию автокефалии Русской православной церкви, прочитал доклад «Папство и Православная Церковь». По отзыву архиепископа Луки (Войно-Ясенецкого), докладчик собрал «всё самое грязное, самое отрицательное о Римской Церкви». Написанную им докторскую диссертацию митрополит Григорий (Чуков) оценил как неудовлетворительную, т.к. она, по его мнению, представляет «дословную перепечатку из сочинений русских авторов и русских переводов».