Многие постановления Германа IV касались защиты народа от инославной пропаганды. В январе 1845 г. он отправил послание митрополиту, клиру и народу Адрианопольской епархии по поводу вредной деятельности монаха Пантелеимона, который проповедовал учение о частом причащении, даже без исповеди. У него были сторонники, которые тайно причащались в домах ежедневно. Патриарх приказал изгнать Пантелеимона и осудил его последователей. С именем Германа IV связано возникновение богословской школы на о-ве Халки, которая стала основной кузницей кадров священнослужителей Константинопольской православной церкви, действовавшей до 1971 г. В июле 1843 г. патриарх восстановил ставропигиальные права монастыря Пресвятой Троицы (затем обитель была восстановлена на личные средства Германа IV). Священный Синод постановил, что патриарху даётся право (даже после удаления с престола) жить в монастыре до самой смерти и управлять им. Одновременно было решено учредить там богословскую школу. Герман IV обратился за материальным содействием в организации училища к афонским монастырям, русскому послу в Стамбуле Аполлинарию Петровичу Бутенёву, епископам Молдавии и Валахии, логофету Молдо-Влахии Константину Стурдзе, меценату-греку Г. Костасу, проживавшему в Москве, греческим консулам в Египте, а также к другим монастырям, церквам и частным лицам. Наибольшую сумму взносов внесли митрополиты и монастыри Константинопольского патриархата. На собранные средства монастырь был полностью восстановлен в 1843–1844 гг., а школа открылась с началом 1844/1845 учебного года. Кроме того, Герман IV основал школы взаимного обучения в столичном приходе архангела Михаила, Терапии, призывал иноков ставропигиальных монастырей Крита помогать материально школам в Ираклионе, Кидонии (Ханье) и Ретимноне и посылать туда для обучения молодых монахов. При Германе IV было предпринято издание месячных Миней на основании рукописей Кесария Дапонте из Ксиропотама и кодексов Великой Лавры на Афоне (в 1845 г. были напечатаны месяцы сентябрь, октябрь и ноябрь). Но Евангелия на болгарском языке по-прежнему не допускались к обращению в народе. В 1843 г. Герман IV писал митрополиту Неофиту Тырновскому и Никифору Филиппопольскому, а также братии Рильского монастыря, чтобы они собрали все находившиеся в употреблении экземпляры и прислали в патриархию. В 1845 г. он был низложен с патриаршей кафедры и вновь избран на неё в 1852 г. Во второе патриаршество построил вне стен Константинополя национальный греческий орфанотрофий (сиротский дом) и благоукрасил патриарший Георгиевский собор на Фанаре. В 1853 г. Герман IV писал митрополиту Хрисанфу Филиппопольскому о необходимости продолжать практику богослужения на греческом языке и запретил переход на болгарский; в конце 1852 г. жителям с. Систова Тырновской епархии было отказано в открытии типографии для печатания славянских книг под предлогом отсутствия лиц, необходимых для цензуры. Скончался Шерман IV 16 сентября 1853 г. в Константинополе, погребён в храме Живоносного Источника.