Григорий II Киприот допустил серьёзные ошибки в литературной полемике со своим опальным предшественником на патриаршей кафедре, что нанесло большой ущерб его репутации учёного богослова. К тому же Иоанн XI Векк не брезговал и распространением слухов против своего оппонента, в частности утверждал, что Григорий II Кипрский не грек, а латинянин. В ответ на заключённую в 1274 г. Лионскую унию Григорий II Киприот написал сочинение о вечном проявлении Святого Духа Сыном (его формула считается православным «ответом» на filioque). Понимание Григорием II Киприотом учения о Святой Троице было подтверждено церковным Собором 1285 г. во Влахернах. Когда Григорий II Киприот увидел, что не только его противники ополчились на него, но и многие из друзей отвернулись, то он решил оставить патриарший престол и удалился на покой сначала в монастырь Пресвятой Богородицы Одигитрии, а затем в монастырь св. Андрея, где и умер. На время патриаршества Григория II Киприота приходится ряд Соборов, инициатором которых он был: Константинопольский (1283 г.), Адрамиттийский (1284 г.), Алексеевский (1285 г.), Влахернский (около 1285 г.). Не оставлял он и преподавательскую деятельность. Среди его учеников были Феодор Музалон, Никифор Хумн, Максим Плануд. На протяжении большей части жизни Григорий II Киприот занимался переписыванием книг, т.к. не всегда имел возможность их купить. Он известен как талантливый писатель, автор трудов богословского и светского характера. Одним из важнейших его богословских произведений является «Изложение томоса веры против Векка», представляющее собой акт официального низложения Иоанна XI Векка на Влахернском Соборе и осуждения «латиномудрствующих». Главный богословский вопрос томоса – исхождение Святого Духа. Григорий II Киприот изложил собственные взгляды, совпадающие в основных чертах со взглядами Никифора Влеммида: «Дух имеет Своё совершенное бытие от Отца, Который есть единственная причина, из Которого Он исходит вместе с Сыном, Своим, свойственным Ему способом, являясь одновременно через Сына, через Него и при Нём сияет. Как свет исходит от солнца вместе с лучом, сияет, является при нём и даже от него. Ясно, что когда некоторые говорят, что Дух исходит от Отца и Сына, или от Отца через Сына, или происходит из сущности обоих, то всё это не значит, что они исповедуют, что бытие Святого Духа также происходит и от Сына, так же как и от Отца. Действительно, ведь и вода, черпаемая из реки, происходит из неё, и свет происходит из луча, но ни свет, ни вода не имеют причиной бытия эти две вещи: свет происходит от солнца, а не из луча. Луч – способ происхождения бытия, а не источник». Он ввёл различие между понятиями «исхождение» и «воссияние»: одно означает единосущие с Отцом, другое – единосущие с Сыном, «от Которого Он и с Которым, но не как от причины... С одной стороны, мы говорим, что Дух от Отца и не отвергаем, что Он через Сына, с другой – исповедуем, что Дух от Сына и не отвергаем, что Он от Отца». В XIV в. Григорий Палама развил эти положения Григория II Киприота. Среди других его богословских произведений исследователи называют грамоту и исповедание, являющиеся ответом на критику томоса митрополита Эфесским Иоанном Хилой, а также трактат «Об исхождении Святого Духа», написанный Григорием II Киприотом ещё до патриаршества. Общим ответом на критику его богословских трудов является апология. Полемические труды Григория II Киприота – важный источник по истории православной догматической мысли XIII в. Ему принадлежат похвальные слова Иоанну Крестителю, Дионисию Ареопагиту, Георгию Победоносцу, Евфимию Мадитскому, Житие Лазаря Галисийского. Его риторические произведения (такие, как панегирики императорам Михаилу VIII и Андронику II Палеологам) отличаются витиеватостью стиля и отсутствием конкретных исторических сведений. Сохранилось более 200 его писем. Из них 29 адресованы племяннице императора Михаила VIII Феодоре Раулене, духовной дочери Григория, а 53 – его ученику Феодору Музалону. Есть письма Георгию Акрополиту, императору Андронику II, высшим церковным иерархам. Риторические произведения (такие, как «Упражнение, или Философские и риторические опыты», «Похвала морю») были созданы Григорием II Киприотом в учебных целях. Григорий II Киприот собрал также коллекцию пословиц и написал «Автобиографию». Скончался он в 1289 г.