В 1940 г. учёный опубликовал книгу «Главнейшие этапы в истории крепостного права в России». В военные годы (включая время пребывания Института истории в эвакуации в 1941–1943 гг. в Ташкенте) продолжал работу над историей русского крестьянства, которая завершилась выходом обобщающей книги «Крестьяне на Руси» (1946 г.), охватывающей период до середины XVII в. В послевоенные годы одним из главных направлений научной деятельности Б.Д. Грекова стало сопоставительное изучение славянского средневекового права. Он опубликовал исследования о Винодольском (1948 г.) и Полицком (1951 г.) статутах, о «Польской Правде» (издано посмертно, в 1957 г.). Б.Д. Греков внёс значительный вклад в дело издания источников по истории Древней Руси и России, подготовил к публикации писцовые книги Обонежской пятины (1930 г.), документы вотчины боярина Бориса Ивановича Морозова (1933–1936 гг.). Под руководством Б.Д. Грекова издана по всем известным на то время спискам «Русская Правда» (1940–1963 гг., три тома), опубликованы Судебники XV–XVI вв. (1952 г.). Б.Д. Греков был ответственным редактором первого тома подготовленных к печати академиком Степаном Борисовичем Веселовским «Актов социально-экономической истории Северо-Восточной Руси XIV–XVI вв.» (М.; Л., 1952 г.). Возглавлял созданную в 1949 г. в Институте истории комиссию по истории земледелия, положившую начало координации научной деятельности историков-аграрников (в настоящее время осуществляется в рамках симпозиума по аграрной истории Восточной Европы). Под редакцией Б.Д. Грекова вышли два первых тома «Материалов по истории земледелия СССР» (1952, 1956 гг.). В 1920 – начале 1950 гг. Б.Д. Греков сочетал научную деятельность с преподавательской, будучи профессором сначала Ленинградского, затем Московского университетов. В военные и послевоенные годы Б.Д. Греков продолжал вести большую научно-организаторскую работу. Помимо руководства Институтом истории в 1944–1945 гг. также был директором Института истории материальной культуры (ныне Институт археологии) Академии Наук, в 1946–1951 гг. – директором Института славяноведения Академии Наук (в создании которого принимал деятельное участие), в 1946–1953 гг. был академиком-секретарём Отделения истории и философии Академии Наук. В последние годы жизни Б.Д. Грекова Институт истории подвергся критике со стороны партийных органов за недостаточное внимание к советскому периоду отечественной истории, за «засорение» института идеологически неблагонадёжными кадрами. Б.Д. Грекову трижды присуждалась Сталинская премия: в 1947 г. – за книгу «Крестьяне на Руси», в 1948 г. – за выдающиеся работы в области исторических наук, в 1952 г. – за работу «Золотая Орда и её падение» (совместно с Александром Юрьевичем Якубовским). С 1920 гг. Б.Д. Греков был членом Ленинградского, затем Московского городского совета, депутатом Верховных Советов РСФСР (с 1947 г.) и СССР (с 1950 г.), заместителем председателя Славянского комитета защиты мира, председателем оргкомитета первой Всесоюзной конференции сторонников мира. Б.Д. Греков похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве. Помимо вклада, внесённого Б.Д. Грековым в науку как исследователем, его деятельность имела огромное значение для поддержания в сложных условиях 1930 – начала 1950 гг. преемственности традиций отечественной исторической науки, сохранения кадров и подготовки квалифицированных специалистов по русской средневековой истории.