В июле 1672 г. по повелению Уппсальского архиепископа Лаврентия Стигзелия Ревельский и Эстонский епископ Иоанн Яков Пфейфер назначил Иоганна Гербиния пастором в Вильно, где он познакомился с православными клириками, прежде всего, с настоятелем вильнюсского в честь Сошествия Святого Духа на апостолов мужского монастыря Мартинианом (Волосовичем). Живя в Литве (до 1674 г.), Иоганн Гербиний интересовался обычаями и святынями православной церкви, в особенности на Украине, которую называл Рутенией или Роксоланией. Иоганн Гербиний получал сведения от прихожан православных храмов и паломников, побывавших в Киеве. Этот интерес привёл его к переписке с Черниговским архиепископом Лазарем (Барановичем) и киево-печерским архимандритом Иннокентием (Гизелем), происходившим из прусской реформаторской семьи. Архимандрит Иннокентий прислал учёному пастору издание Киево-Печерского патерика (1661 г.). Свои впечатления от переписки и прочтения Житий Киево-Печерских святых Иоганн Гербиний изложил в книге «Religiosae Kijovienses Cryptae, sive Kijovia Subterranea» (1675 г.), значительная часть которой посвящена некрополю Киево-Печерского монастыря (сведения Иоганн Гербиний заимствовал из Патерика, другие западнорусские агиографические сочинения, в частности, «Тератургима» Афанасия Кальнофойского, остались ему неизвестными). Книга иллюстрирована планами пещер и гравюрами, скопированными из кириллических изданий (Печерского патерика и Служебника). Описания пещер сопровождаются экскурсами в историю Крещения Руси, этнографическими и географическими заметками, автор упоминает другие известные ему из книг подземелья: черниговские и псково-печерские. Иоганн Гербиний с доверием относится к православным источникам, лишь сведения о нетленности и мироточении мощей святых вызывают у него некоторые сомнения, впрочем, он готов делать окончательные заключения лишь после того, как увидит св. мощи своими глазами. Иоганн Гербиний высоко оценивает нравственные основы православия («греко-рутенская вера бескорыстна»), деятельность православного духовенства, душевные качества простого народа, восхищается мелодичностью православных богослужебных песнопений. В последние годы жизни Иоганн Гербиний много путешествовал, нигде подолгу не задерживаясь: преподавал в Кёнигсбергском университете, затем жил в Гданьске, где работал над польским переводом Малого катехизиса Мартина Лютера («Symbola Fidei Christianae Catholica», 1675 г.), был духовником шведского посла в Варшаве, наконец, получил небольшой приход в Восточной Пруссии. Его перу принадлежат несколько десятков богословских, естественнонаучных и литературных трактатов и книг, а также конспекты школьных сочинений и сборники духовных песнопений, написанные преимущественно на латыни, а также на польском и немецком языках. Уникальное место среди этих трудов занимает Символ веры, переведённый Иоганном Гербинием на турецкий язык и записанный латиницей для лютеранского обучения турка-неофита, жившего в Стокгольме (1672 г.). Катехизационные произведения Иоганна Гербиния неоднократно переиздавались в XVIII–XIX вв. (последнее издание увидело свет в 1875 г.).