На территории Чехословакии оказались богословские академии в городах Братислава и Прешов; в Румынии остался Пасторский институт в городе Сибиу. Из 25 средних и шести педагогических учебных заведений, принадлежавших Евангелическо-лютеранской церкви Венгрии, на территории Венгрии сохранилось лишь восемь и два соответственно. Именно этими фактами исследователи объясняют популярность националистических и реваншистских идей в лютеранских кругах в правление регента Миклоша Хорти. Стремление вернуть Венгрию к её прежним границам сочеталось с попыткой подвести под политику христианское обоснование. Тем не менее, в межвоенный период многие деятели венгерского лютеранства, не поддавшись национально-политической эйфории, видели смысл своего служения в осуществлении программ так называемой внутренней миссии, социальной помощи и проч. Вторая мировая война стала тяжёлым испытанием для Евангелическо-лютеранской церкви Венгрии. Несмотря на союзничество Венгрии с Германией, после прихода к власти в 1944 г. фашистского режима и начавшейся массовой депортации евреев лидеры всех протестантских конфессий, в том числе лютеранства, обратились к правительству Венгрии с меморандумом, в котором выражали протест против преступной политики диктатора Ференца Салаши. После окончания войны было отремонтировано 190 разрушенных церквей и построено 20 новых. В 1947 г. Евангелическо-лютеранская церковь Венгрии вступила во Всемирную лютеранскую федерацию. Приход к власти в Венгрии коммунистов во главе с Матьяшом Ракоши и отделение церкви от государства изменили условия жизни всех религиозных конфессий в стране. В 1948 г. лидеры лютеранства не без давления власти были вынуждены подписать так называемое соглашение, регулирующее взаимоотношения Евангелическо-лютеранской церкви Венгрии и правительства. Согласно этому документу, за церковью закреплялось право на автономию, церковным организациям предоставлялась возможность заниматься социально-благотворительной деятельностью и преподавать Закон Божий в школах. Однако в 1949 г. соглашение было отменено. Начиная с 1950 г. давление коммунистической партии на церковь усилилось. В 1952 г. в Евангелическо-лютеранской церкви Венгрии вместо четырёх было создано две епархии – Северная и Южная. Восстание в октябре 1956 г. нашло широкий отклик у верующих, в том числе у лютеран, хотя духовенство не принимало в нём активного участия, ограничившись выступлениями в защиту свободы совести и призывами против кровопролития.