На Волынь немцы переселялись в 1812, 1831, 1861 гг. из Германии и Польши. В 1804 г. и с 1816 до 1842 гг. шло наиболее интенсивное переселение немцев из Вюртемберга на земли близ Одессы, в Бессарабию, в Крым и на Южный Кавказ. В 1809–1810 гг. переселенцы из Пфальца, Эльзаса и Великого герцогства Баден прибывали на территорию современной Одесской области. Всего в причерноморских областях, в Бессарабии и на Южном Кавказе была основана 181 материнская колония. В 1817–1818 гг. первые немецкие переселенцы обосновывались в Закавказье. Последние дочерние немецкие колонии в России были основаны в 1927–1928 гг. на берегах Амура. Численность лютеран в царствование Александра I (1801–1825 гг.) возросла также с включением в состав Российской империи Финляндии (1809 г.) и Польши (1815 г.). В 1809 г. около сотни немецких семейств переехали из Польши в Санкт-Петербург. Одновременно с первым поселением колонистов в Стрельне (между 1804 и 1819 гг.) возникли колонии в Ораниенбауме, в Петергофе и в Знаменской. Большие лютеранские общины образовались в Саратовской губернии, гернгутеры основали Сарепту, западнопрусские меннониты осели в Екатеринославской губернии. Среди немецких переселенцев, образовавших поселения в Западном Азербайджане и в Восточной Грузии, были вюртембергские сектанты и швабские сепаратисты, которых преследовала лютеранская церковь на родине. В 1804 г. была основана Генеральная суперинтендантура (с 1810 г. – Главное управление духовных дел иностранных исповеданий). В 1805 г. император утвердил составленный Юстиц-коллегией устав лютеранской церкви и «Литургическое учреждение». Коллегия разрешила руководствоваться в лютеранских колониях также и шведским церковным законом 1686 г., действовавшим в Лифляндии и Эстляндии. В октябре 1819 г. в Саратове была создана консистория для евангелических общин на Волге. В её ведении находились протестанты (лютеране и реформаты), проживавшие на территории между Астраханью и Казанью, Воронежем и Оренбургом (за исключением гернгутерской братской общины в Сарепте). Эта консистория просуществовала 14 лет, до введения нового церковного закона. В 1817 г. Александр I подписал указ «О праздновании в России 300-летнего юбилея Реформации», и вскоре началась разработка закона о создании Управления духовных дел христиан протестантского исповедания. Согласно указу от 20 июля 1819 г., лютеранские общины на территории России объединялись с реформатскими в единую Евангелическую церковь под управлением Генеральной консистории. Главой церкви назначался епископ, кандидатуру которого утверждал император. Однако указ из-за активного противодействия остзейского (прибалтийского) дворянства и духовенства повсеместного распространения не получил. Закариас Сигнеус, назначенный императором епископом всех протестантских церквей, в 1829 г. управлял одним Санкт-Петербургским консисториальным округом. В 1802 г. Александр I подписал указ об открытии Дерптского университета (в 1893–1919 гг. – Юрьевский, ныне Тартуский), на теологическом факультете которого стали готовить лютеранских пасторов для российских приходов; были созданы также семинария при Дерптском университете (1827 г.) и учительская семинария в Колпине (1863 г.).