Как полагают исследователи, вскоре, т.е. около 1509 г., состоялось обретение и перенесение в монастырь мощей Ефрема, они были погребены в Богоявленском соборе. Н.А. Охотина-Линд обнаружила список Устава 1510–1520 гг., в святцах которого отмечено данное событие: «В той же день (16 мая) пренесение мощем преподобнаго отца нашего Ефрема Перекопского, иже над Верендою рекою жившего». В Житии Ефрема сообщается о перенесении мощей Ефрема через 22 года после его кончины 16 мая, но событие датировано 1545 (7053) г. С этого дня в монастыре ежегодно совершалась память преподобного. Всероссийское прославление Ефрема состоялось на Соборе в 1549 г. (Александр Евгеньевич Мусин установление литургического празднования Ефрему относит к 1552–1554 гг.). Раньше 1628 г. в Богоявленском соборе Перекомского монастыря во имя Ефрема был освящён придел (впервые упоминается в монастырской описи 1628 г.). В Житии приведены рассказы о прижизненном чуде («о разбойницех, како подятием древа усътраши их») и о десяти посмертных чудесах, совершённых святым, из них одно связано с посещением Перекомского монастыря Петром I в 1702 г. (корабль был принесён бурей к монастырю, после молитв царя к святому буря утихла). Другие датированные чудеса относятся к 1652, 1685/1686, 1697, 1699/1700, 1702, 1771 гг., последними изложены «чудеса преподобнаго Ефрема от зубной болезни», датированные 1796 г. Большинство чудес связано с исцелениями и со спасением утопающих. Служба Ефрему создана на основе службы Савве Вишерскому, составленной Пахомием Логофетом. Около 1687 г. написано «Слово похвално о житии и о чудесех преподобнаго отца нашего Ефрема Перекопского, Новгородского чюдотворца», вошедшее в сборник «Трифологион новгородских чюдотворцов» (Российская национальная библиотека), который принадлежит перу новгородского книжника второй половины XVII в. Бориса Яковлевича Козынина. Под 16 мая Ефрем назван в «Палинодии» Захарии (Копыстенского) 1621 г. (Русская историческая бибилиотека), в Месяцеслове келаря Троице-Сергиева монастыря Симона (Азарьина) середины 1650 гг. (Российская государственная библиотека, Московская духовная академия) и в других святцах второй половины XVII – XVIII вв., где в качестве даты кончины преподобного часто приводится 6900 г. (дата, как полагают исследователи, не дописана в отношении сотен, десятков и единиц, что указывает на то, что святой преставился до 1492 (7000) г., и косвенно подтверждает дату, содержащуюся в Житии Ефрема). В разделе «Преподобные отцы Новгородские» с датой смерти 6969 (1460/1461) г. Ефрем упомянут в «Описании о российских святых», известном в списках XVIII–XIX вв. В 1580 и 1611 гг. Перекомский монастырь был разорён шведами, восстановлен в 1672 г. стараниями боярина Романа Фёдоровича Боборыкина, который приписывал помощи Ефрема своё чудесное спасение от гибели в реке Москве.