Память Емилиана значится в Мартирологе Узуарда (вторая половина IX в.) и средневековых мосарабских календарях, а также в ирландском месяцеслове Мариана Гормана (XII в.). В X в., при короле Памплоны (Наварры) Гарсии Санчесе I (Гарсии III Санчесе; 925–970 гг.), было составлено два сборника с описаниями новых чудес Емилиана. Поэт Гонсало де Берсео (конец XII – втора половина XIII в.) составил стихотворное Житие Емилиана на придворном испано-романском диалекте – «Историю господина св. Емилиана». Согласно преданию, изложенному Гонсало де Берсео, король Леона Рамиро II (931–951 гг.) и граф Кастилии Фернан Гонсалес (930–970 гг.) почитали Емилиана как помощника в борьбе с маврами. По легенде, во время битвы при Асинасе (931 или 938 г.) произошло чудесное явление преподобного с апостолом Иаковом Зеведеевым. Жители Кастилии почитали Емилиана как святого покровителя, «противопоставляя» его апостолу Иакову Зеведееву, объявленному официальным покровителем Испании. В XVI в. имя преподобного было внесено кардиналом Цезарем Баронием в Римский Мартиролог. В XVII в. католические церковные власти признали Емилиана святым заступником Кастилии и одновременно покровителем всей Испании (вместе с апостолом Иаковом). Емилиан изображается в монашеском одеянии с куколем (капюшоном) или в облачении пресвитера. Монастыри преподобного Емилиана: так называемый Верхний (Сан-Мильян де Сусо) и Нижний (Сан-Мильян де Юсо), расположены близ селения Сан-Мильян-де-ла-Коголья в административной провинции Ла-Риоха в Испании. В 1997 г. оба монастыря включены в список памятников всемирного наследия ЮНЕСКО. Верхний монастырь восходит к киновии подвижников, возникшей вокруг кельи и часовни с погребением Емилиана. В VI в. в естественных скальных полостях размещались кельи отшельников. Сохранилось более 120 монашеских захоронений в каменных саркофагах. Толетский архиепископ Евгений III (ум. в 657 г.), посвятил стихотворение церкви, построенной во имя Емилиана, где совершались чудесные исцеления. В 714–759 гг. территория современной провинции Ла-Риоха, где находится монастырь, была захвачена арабами, но в 923 г. отвоёвана королём Памплоны Санчо I. В город Нахера, расположенный недалёко от монастыря, была перенесена столица королевства (925 г.). В X в. обитель именовалась по названию хребта Дирцеций (ныне Сьерра-де-ла-Деманда), где находилась келья Емилиана. С середины X в. монастырь обозначался по названию селения Вергегий. Слово «Коголья» («куколь») в названии упоминается с 1192 г. (в 1180 г. так была обозначена одна из окрестных островерхих горных вершин). В 929 г. была освящена базилика, находившаяся, как полагают исследователи, в долине, на месте будущего Нижнего монастыря. Монастырь, расположенный поблизости от столицы, получал многочисленные пожертвования от королей Наварры, а также вклады от королей Леона и от графа Кастилии Фернана Гонсалеса. Для Кастилии, выделившейся из состава королевства Леон, почитание Емилиана приобрело особое значение: преподобный стал рассматриваться как святой покровитель области.