А.П. Ермолов оценил работу комиссии как противоречившую общей политике России в Грузии и Осетии, назвал действия её представителей «своевольством». Конфликт А.П. Ермолова с Грузинским экзархом и руководством Осетинской комиссии привёл к увольнению с поста экзарха Грузии митрополита Варлаама (Эристави) и архиепископа Досифея (Пицхелаури). Новый экзарх Грузии митрополит Феофилакт (Русанов; 14 мая 1817 г. – 19 июля 1821 г.) продолжил политику своего предшественника, не прислушавшись к предупреждениям А.П. Ермолова о серьёзности ситуации в крае и о необходимости отложить все реорганизации. Затеянная унификация управленческой структуры православной церкви в Западной Грузии (сокращение числа епархий до трёх, закрытие храмов, увольнение ряда местных священнослужителей, интенсификация работы над описью церковного имущества, появление митрополита Феофилакта (Русанова) в Кутаисе, а прокурора Грузино-Имеретинской синодальной конторы в Гурии и Мегрелии) привела к широкому антироссийскому выступлению, направляемому местными митрополитами при поддержке части дворянства. Митрополит Феофилакт (Русанов) был вынужден уехать в Тифлис под защиту российских войск. Неосторожные и непродуманные действия митрополита Феофилакта (Русанова) спровоцировали сначала Имеретинское, а затем и Гурийское и Мегрельское восстания; в Западную Грузию были введены части Кавказского корпуса, волнения были подавлены генералом Алексеем Александровичем Вельяминовым лишь летом 1820 г. Митрополит Кутаисский Досифей (Церетели) погиб, другие лидеры Имеретинского восстания (митрополит Гелатский Евфимий (Шервашидзе), царевна Дареджан и несколько имеретинских князей) высланы из Грузии, князь Иван Абашидзе и лидер Мегрельского восстания князь Георгий Дадиани бежали в Турцию. А.П. Ермолов поощрял колонизацию Кавказа русскими и немецкими переселенцами из России, развитие торговли, сельского хозяйства и промышленности. По его инициативе выделялись казённые средства на улучшение путей сообщения, и, прежде всего, Военно-Грузинской дороги, а также на строительство новых. С 1821 г. в Закавказье была объявлена льготная пятипроцентная транзитная торговля для стимулирования товаропотока из Персии в Европу, что позволило увеличить доходы края и закрепить за Закавказьем статус торгового моста между Европой и Востоком. Росло количество городов (основаны Пятигорск и Кисловодск), выделялись средства на улучшение существовавших, в первую очередь, закавказских. Особое внимание А.П. Ермолов уделял Тифлису, он начал реконструкцию города в европейском стиле, в это время были построены монетный двор, меднолитейный и пороховой заводы. В 1817 г. была открыта Тифлисская духовная семинария, затем при поддержке А.П. Ермолова в Тифлисе было учреждено отделение Российского библейского общества – Комитет Грузинского отделения Российского библейского общества. Поощрялось развитие традиционных сельскохозяйственных отраслей (шелководство, виноделие). А.П. Ермолов покровительствовал образованию и культуре: в Закавказье было увеличено число школ и учебных заведений; в Тифлисе по его инициативе была создана комиссия под председательством генерал-майора Романа Ивановича (Рейнгольда Иоганна) Ховена, занимавшаяся изучением уложения царя Вахтанга VI (Джанишин Картли, 1703–1714 гг.; царь Картли, 1716–1724 гг.) и законов грузинского права, а также их переводом на русский язык (завершён в 1824 г.); в разных областях края начался сбор древнегрузинских хартий и документов, некоторые впоследствии были опубликованы в «Актах, собранных Кавказской Археографической Комиссией».