Вступив в должность 12 июля 1909 г., на следующий день после смерти митрополита Дионисия V, Дионисий VI отказался продолжать политику индийских епископов, нарушавших решение Королевского суда от 1889 г. о подчинении церкви яковитскому патриарху только в духовных вопросах (при её административно-финансовой независимости). Не дал патриарху Игнатию Абдаллаху II (1906–1916 гг.) подписку о признании его полного главенства, в результате чего патриарх в 1911 г. отлучил Дионисия VI и поставил на его место Мар Кирилла (1911–1917 гг.). Действие патриарха не было признано Христианским сирийским советом, в 1919 г. окружной суд Тривандрама (штат Керала) также вынес решение в пользу Дионисия VI. В 1912 г. Игнатий Абдулмасих II провозгласил Предстоятелем Церкви Католикоса Востока, которым поставил митрополита Канданадского Мар Иваниоса с именем Мар Василий Павел I. Однако реальным Главой автономной церкви остался Дионисий VI даже после того, как в 1925 г. им и двумя другими митрополитами был возведён в сан Католикоса Востока митрополит Коттаямский Геваргезе Мар Филексинос с именем Моран Мар Василий (ум. в 1928 г.; см. ст. Геваргезе I). При Дионисии VI были основаны крупнейшие церковные организации: Студенческое движение (1908 г.) и Общество служителей Креста (1924 г.). Он считался признанным знатоком богословия, догматики, церковной истории, сирийского языка и литературы, был одним из авторов проекта устава Сиро-Маланкарской церкви, принятого Сирийской христианской ассоциацией в декабре 1934 г., редактором «Служебника для прихожан» («Qurbana Kramam»). Вместе с известным учёным Конатом Корахом Матхеном Дионисий VI перевёл с сирийского языка на малаялам литургию, некоторые молитвы и гимны. Также написал руководство по сирийскому языку для начинающих и книгу «Основные догматы Церкви» («Mathopadesa Sarangal»), в которой рассматриваются вероучение, таинства и обычаи Сиро-Маланкарской церкви. Согласно церковному обычаю, Дионисий VI был погребён сидящим в кресле в Старой семинарии. 24 февраля 2003 г. Католикос Василий Мар Фома Матфей II возглавил церемонию причисления Дионисия VI к лику святых; днём его почитания стал день кончины.