Выступив против закона о таксах (1881 г.) за рукоположение в церковный сан, за монашеский постриг, митрополит Михаил дал формальный повод проавстрийски настроенному князю Милошу Обреновичу для своей отставки. После смещения митрополит на долгие годы покинул страну. С 1884 г. он жил некоторое время в Киево-Печерской лавре, много ездил по России. Исполнять обязанности Белградского митрополита был назначен епископ Неготинский Моисей. 31 декабря 1882 г. был принят новый закон, по которому права епископов значительно ограничивались: отныне выборы митрополита проводил специальный орган, в который входили члены архиерейского Собора, председатель совета министров, министр просвещения и церковных дел, председатель кассационного суда и пять членов Скупщины. Министр просвещения и церковных дел имел право контроля за деятельностью архиерейского Собора. Назначения епископов на административные должности внутри церкви также должны были получать его одобрение. Сербские архиереи, не желая подчиняться новому закону, подали в отставку. 20 марта 1883 г., несмотря на протесты епископа Моисея и ряда других епископов, были проведены выборы митрополита. Новым главой Сербской церкви стал архимандрит Феодосий (Мраович; 1883–1889 гг.), хиротония которого была проведена с помощью Карловацкого патриарха Германа (Анджелича; 1882–1888 гг.). На освободившиеся епископские кафедры светскими властями были поставлены: в Нишскую епархию – Нестор (Попович; до 1884 г.), в Шабацкую – Самуил (ум. 25 марта 1886 г.); в Жичскую – Корнелий (ум. 4 мая 1886 г.). Позже правительство по экономическим причинам упразднило Шабацкую (восстановлена в 1898 г.) и Неготинскую епархии, присоединив их к Белградской. Митрополит Михаил вернулся в Сербию в 1889 г. Закон от 1882 г. был отменён, и новый закон о церковных властях (27 апреля 1890 г.) предусматривал определённую демократизацию церкви: в частности, были расширены права епархиального священства, а епископские сужены. Однако на практике митрополиту Михаилу всё-таки удалось достичь определённого компромисса с правительством и не допустить резкого ослабления власти архиереев. Преемником митрополита Михаила стал Иннокентий (Павлович; 1898–1905 гг.), которого сменил Димитрий (Павлович; 1905–1920 гг.). С увеличением территории Сербского королевства в ходе балканских войн (1912–1913 гг.) в Белградскую митрополию вошли: Скоплянская, Велешко-Дебарская и Призренская епархии. Одним из результатов Первой мировой войны стало образование в 1918 г. Королевства сербов, хорватов и словенцев, объединившее Сербию с обширным македонским и албанским населением, Черногорию, югославские земли бывшей Австро-Венгрии, Боснию и Герцеговину, Хорватию, Словению. Создание государства с православным населением, ранее проживавшим на разрозненных землях, привело в 1920 г. к формированию единой Сербской православной церкви и восстановлению патриаршества, после чего Белградская митрополия была упразднена.