На скале Святого явления (Георгиевской), где, по преданию, была обретена икона великомученика Георгия, водрузили каменный крест с изображением святого. В Балаклавском монастыре хранилась почитаемая копия чудотворной, явленной в 891 г., иконы великомученика Георгия Победоносца (с 1970 г. – в Украинском музее изобразительных искусств в Киеве). Обитель посещало множество паломников: 5–6 сентября 1820 г. здесь останавливался Александр Сергеевич Пушкин, в июле 1825 г. – Александр Сергеевич Грибоедов, в октябре 1825 г. – император Александр I, 10 сентября 1837 г. – император Николай I, 17 октября 1898 г. – император Николай II и императрица Александра Фёдоровна, участвовавшие в закладке нового собора в честь Вознесения Господня (построен не был). К началу XX в. помимо храмов на территории Балаклавского монастыря находились свечной завод, братский корпус, двухэтажная гостиница, домик настоятеля, летний дачный дом адмирала Михаила Петровича Лазарева. Монастырь имел подворье в Екатеринодаре, при храме великомученика Георгия Победоносца. Обитель владела 904 десятинами земли, бо́льшая часть которой (кручи, утёсы, каменистая степь) была непригодна для использования, а также лесным участком близ Алтаузской дачи. На содержание обители в год выделялось 3 тыс. руб., 593 руб. в год монастырь получал за сданную в аренду землю. В Севастопольском отделении Госбанка монастырь имел капитал 22 615 руб. В 1926 г. в Балаклавском монастыре жили 12 насельников, последний известный настоятель игумен Нафанаил. По ходатайству президиума Севастопольского райисполкома 29 ноября 1929 г. монастырь был закрыт и передан курортному тресту. В Крестовоздвиженском храме службы продолжались до мая 1930 г. (к 2002 г. в нём находилась библиотека воинской части). На месте разрушенного в начале 1930 гг. Георгиевского храма (сохранились фундамент и подвальная часть) были поставлены парковые скульптуры. Рождественский храм был передан Севастопольскому музейному объединению, остальные здания – санаторию ОСОАВИАХИМ. На бывших монастырских землях располагались совхоз «Безбожник», совхоз №1 Военпорта и молочная ферма. В 1939–1941 гг. в корпусах Балаклавского монастыря размещались военно-политические курсы Черноморского флота, во время Великой Отечественной войны – курсы для сержантов и офицеров 109-й стрелковой дивизии Приморской армии, несколько медсанбатов. 14 сентября 1991 г., когда отмечалось 1100-летие монастыря, Симферопольским епископом Василием (Златолинским) на скале Святого явления при помощи вертолётчиков Черноморского ВМФ был установлен крест, епископ отслужил молебен. 22 июля 1993 г. Балаклавский монастырь был возвращён Русской православной церкви. Благодаря усилиям первого наместника архимандрита Августина (Половецкого; ум. в 1996 г.) отреставрированы пещерный Рождественский храм обители, в котором совершаются регулярные богослужения. 29 октября 2000 г. начались работы по воссозданию уничтоженного собора во имя Георгия Победоносца. К апрелю 2002 г. в монастыре жили четыре человека братии, наместник – иеромонах Аристарх (Макаренко). К монастырю приписаны храм Двенадцати апостолов в Балаклаве и церковь святых Константина и Елены в селе Флотском.