Постановлением Борисоглебского волостного исполкома от 5 сентября 1924 г. здания Борисоглебского монастыря были переданы Ростовскому государственному музею. Несмотря на это, из упразднённого монастыря в большом числе изымались художественные и письменные памятники, наиболее ценные из них вывозились в Ростов, Ярославль и Москву; иконы из Ростовского и Борисоглебского музеев составили основу собрания живописи ростово-суздальской школы в Третьяковской галерее. Бо́льшая часть монастырских икон была уничтожена. 8 ноября 1928 г. в некоторых помещениях Борисоглебского монастыря открылась музейная экспозиция, многие помещения музей сдал в аренду. К 1940 г. Борисоглебский собор, Сретенская и Сергиевская церкви использовались под склад, в настоятельских покоях размещались банк и архив, в братском корпусе – общежитие милиции, в рассольном корпусе – кондитерское производство и склад льносемени, в подклете Благовещенской церкви – колбасное производство. В трапезной Благовещенской церкви помещалась музейная экспозиция. Приспосабливая паперть Борисоглебского собора под электростанцию, сломали потолок и пол, оголили фундамент. Белокаменные могильные плиты с монастырского кладбища использовались под фундамент домов, мраморные и гранитные памятники в 1935 г. были увезены в Москву для строительства метрополитена. Работа по охране памятников интенсифицировалась в 1941–1954 гг., когда музей возглавляла Мария Николаевна Карасёва, благодаря её усилиям многие памятники были спасены от разрушения. 8 февраля 1954 г. Борисоглебский музей закрыли, его фонды должны были поступить в Ростовский музей. 29 сентября 1961 г. Борисоглебский исполком принял решение об организации народного музея в посёлке Борисоглебском под управлением М.Н. Карасёвой, впоследствии Борисоглебский музей вновь стал филиалом Ростово-Ярославского архитектурно-художественного музея-заповедника (РЯАХМЗ). В 1989 г. Борисоглебский собор был возвращён РПЦ и открыт как приходской храм. Определением Священного Синода РПЦ от 24 ноября 1994 г. приход был преобразован в мужской монастырь. К 2003 г. обители были переданы Борисоглебский собор, Благовещенская церковь, Сергиевская надвратная церковь, келья-часовня Иринарха. В начале 2003 г. наместником Борисоглебского монастыря был игумен Иоанн (Титов), в обители подвизались два иеромонаха, три иеродиакона, два монаха. С 1997 г. ежегодно перед днём памяти пророка Илии совершается пеший крестный ход из Борисоглебского монастыря к источнику Иринарха на его родине близ села Кондакова, в 40 км от монастыря; во время крестного хода паломники по очереди несут на себе вериги преподобного. С 1998 г. в Борисоглебском монастыре проходят ежегодные всероссийские Иринарховские научно-практические чтения.