В 1991–1993 гг. Благовещенск являлся вторым кафедральным городом Хабаровской и Благовещенской епархии. 7 ноября 1991 г. торжественным крестным ходом Албазинская икона Божьей Матери была возвращена из Амурского краеведческого музея в кафедральный собор Благовещенска. 28 декабря 1993 г. решением Священного Синода РПЦ была учреждена Благовещенская и Тындинская епархия, временно управлял епархией Хабаровский епископ Иннокентий (Васильев). 21 апреля 1994 г. епископом Благовещенским был назначен Гавриил (Стеблюченко), к этому времени в Благовещенской и Тындинской епархии действовало три прихода. Весной 1997 г. началось строительство нового Благовещенского кафедрального собора на месте разрушенных церквей во имя Николая Чудотворца и Покрово-Никольской. В 1998 г., во время приезда епископа Гавриила с Албазинской иконой Божьей Матери в Тынду, в городе был заложен Свято-Троицкий храм. В 1997 г. в честь 200-летия со дня рождения Иннокентия (Вениаминова) в центре Благовещенска установили памятник святителю, а прилегающий к памятнику переулок был назван его именем. В селе Иннокентьевка Архаринского района Амурской области в 1997 г. был открыт приход во имя Иннокентия. 25 мая – 9 июня 1997 г. епископом Гавриилом организовано паломническое плавание на теплоходе «Миклухо-Маклай» с Албазинской иконой Божьей Матери из Благовещенска в Николаевск-на-Амуре и другие места, связанные с миссионерской деятельностью Иннокентия. При епархиальном управлении действуют отделы: миссионерский во имя Иннокентия (имеет церковь-вагон, курсирующий по Байкало-Амурской магистрали), милосердия и благотворительности, по связям с Вооружёнными Силами и правоохранительными органами. В епархии восемь воскресных школ. В Благовещенской и Тындинской епархии издаётся ежемесячная православная газета «Золотые купола» (приложение к газете «Амурская правда»), выходят в эфир телепередачи «Путь к истине» и «Вифлеемская звезда», радиопрограммы «Благовещение» и «Новости Благовещенской епархии». В 2000 г. в Амурском государственном университете открылся факультет религиоведения при кафедре социологических наук. Архиереи: епископ Иннокентий (Солодчин; 1899–1900 гг.), епископ Никодим (Боков; 1900–1906 гг.), епископ Владимир (Благоразумов; 1906–1909 гг.), епископ Евгений (Бережков; 1909–1914 гг.), архиепископ Евгений (Зёрнов; 1914–1930 гг.), епископ Иннокентий (Тихонов; 1930–1932 гг.), епископ Герман (Коккель; 1932–1935 гг.), с 1935 г. кафедра не замещалась, в 1946–1993 гг. территория Благовещенской и Тындинской епархии входила в Хабаровскую епархию, с 28 декабря 1993 г. епархией временно управлял Хабаровский епископ Иннокентий (Васильев), архиепископ Гавриил (Стеблюченко; с 1994 г.). Монастыри: Тындинский женский в честь Покрова Пресвятой Богородицы (учреждён в 2002 г.), в честь Албазинской иконы Божьей Матери женский (около города Зея, учреждён в 2002 г.).