В марте 1917 г. А.И. Боярский стал товарищем председателя Всероссийского союза демократического духовенства и мирян; тогда же он организовал при колпинском храме группу «Друзей церковной реформации», состоявшую, в основном, из социалистически настроенной молодёжи. После 1917 г. указывал в анкетах, что по своим политическим взглядам является христианским социалистом: выступал против единоличной власти, смертной казни, сословного деления общества и частной собственности на землю, был сторонником свободы совести. В брошюре «Церковь и демократия» (1918 г.) характеризовал положение церкви в дореволюционной России как «порабощение государственной властью». В 1918 г. А.И. Боярский входил в редакцию духовно-литературного издания для храма, семьи и школы журнала «Божия нива» (сотрудниками редакции также были будущие обновленцы священники Александр Иванович Введенский, Евгений Христофорович Белков и др.). В 1919 г. был членом комиссии «прогрессивного» духовенства при Наркомате юстиции и епархиальных комиссий по передаче церквей Военного и морского ведомства Петроградской епархии и по борьбе с неверием. С 12 августа 1920 г. преподавал пастырское богословие в петроградском Богословском институте. Весной 1921 г. в рамках организованных епархией еженедельных апологетических бесед для народа провёл в Казанском соборе одну из первых бесед на тему «Воскресение Иисуса Христа». В публичных диспутах, проводившихся властями в 1922 г. в ходе антирелигиозной кампании, выступал с апологией веры. В 1920 г. вместе с протоиереями А.И. Введенским и Николаем Кирилловичем Чуковым, профессорами Николаем Егоровым и Юрием Новицким организовал «Правление общества приходских советов», которое играло важную роль в церковной жизни Петрограда (закрыто в 1922 г.). Являясь председателем комиссии «Правления» по церковной дисциплине, пропагандировал радикальную реформу богослужения. 20 июля 1921 г. по постановлению Детскосельского уездного политбюро А.И. Боярский был арестован. Максим Горький обратился к Владимиру Ильичу Ленину с ходатайством об освобождении А.И. Боярского, под которым подписалось 1400 человек, в том числе немало коммунистов. Заместитель председателя ВЧК Иосиф Станиславович Уншлихт на запрос В.И. Ленина о причинах ареста ответил, что в течение последних лет А.И. Боярский занимался контрреволюционной деятельностью, и «кроме того установлено, что в 1915–1916 гг. он имел близкое отношение к охранке. Освобождён быть не может». В предъявленных обвинениях («злостная агитация против советской власти и провокации») А.И. Боярский виновным себя не признал. 14 августа 1921 г. в тюрьме написал заявление властям, в котором просил дать ему «возможность приложить свою энергию... к святому делу помощи голодающим... не смешивать его в одну кучу с контрреволюционными попами». Уверял, что его «нужно поставить на положительную работу, которой он с избытком загладит свою вину, если она усмотрена» и «если нужны ещё какие-нибудь гарантии и подписки, он охотно даст их».