В октябре 1951 г. Борис был возведён в сан архиепископа и назначен временно исполняющим обязанности экзарха Московской патриархии в Западной Европе. С июля по октябрь 1954 г. управлял Ярославской епархией. В октябре того же года назначен патриаршим экзархом Северной и Южной Америки, архиепископом Алеутским и Североамериканским, одновременно ему поручили управление Краснодарской епархией. 27 декабря награждён правом ношения креста на клобуке, который получил в дар от патриарха Алексия I. 31 декабря 1954 г. архиепископ прибыл в США с целью совершить поездку по епархии, посетил множество приходов в различных городах страны, 27 февраля следующего года был вынужден вернуться в СССР ввиду отказа правительства США продлить визу. В середине 1950 гг. Борис был постоянным участником международных конференций в защиту мира. В апреле 1956 г. переведён на Херсонскую и Одесскую кафедру с поручением временного управления Ворошиловградской (ныне Луганской) епархией и сохранением полномочий экзарха Северной и Южной Америки. С ноября 1958 г. по февраль 1959 г. находился в Нью-Йорке (США), проводил работу по налаживанию жизни экзархата. Активная церковная деятельность Бориса вызвала недовольство в Государственном департаменте США, и архиепископу было отказано в продлении визы. 25 февраля 1959 г. Борис был возведён в сан митрополита. С марта по август 1960 г. находился в США в связи с завершением капитального ремонта Никольского храма в Нью-Йорке, переданного решением Верховного суда США вопреки притязаниям РПЦЗ Московской патриархии. В октябре 1960 г. Борис сопровождал патриарх Алексия I в поездке в Грузию и Армению. В июле 1961 г. принимал участие в Архиерейском Соборе РПЦ. При обсуждении изменений в «Положении об управлении приходов» выступил с речью, в которой поддержал передачу приходских финансов и имущества в ведение мирян. Однако его деятельность как правящего архиерея была направлена на противостояние властям в условиях нового этапа гонений на церковь; Борис стремился не допустить снятия с регистрации православных храмов епархии, в том числе Ильинского собора в Одессе. Заместитель уполномоченного Совета по делам РПЦ по УССР М. Гладаревский сообщал, что Борис «всячески ищет причины для сопротивления нашим рекомендациям по объединению религиозных общин, закрытию церквей, сужению деятельности духовенства». В характеристике Бориса, составленной уполномоченным Совета по делам РПЦ по Одесской области, отмечалось, что «вся его деятельность – это упорное сопротивление всем нашим мероприятиям». 16 июня 1962 г. Священный Синод в соответствии с прошением Бориса освободил его по состоянию здоровья от должности экзарха Северной и Южной Америки, 16 ноября того же года он был освобождён и от управления Ворошиловградской епархией. В 1963–1965 гг. перенёс несколько инфарктов. В начале февраля 1965 г. принял участие в торжествах по случаю 20-летия патриаршего служения патриарха Алексия I. 5 февраля Борису был предоставлен трёхмесячный отпуск, который он проводил в Сочи, где и скончался. Отпевание Бориса, состоявшееся 19 апреля в Одессе, возглавил Киевский и Галицкий митрополит Иоасаф (Лелюхин). Похоронен на кладбище одесского Успенского монастыря. Был награждён многими церковными наградами, в том числе орденом св. князя Владимира первой степени (1963 г.), являлся почётным членом Московской духовной академии.