В 1926 г. в Кишинëве был основан богословский факультет, находившийся в ведении Ясского университета, просуществовавший до 1941 г., в Измаиле и Единце – восьмиклассные духовные семинарии. В 1920–1925 гг. священники из Бессарабии принимали участие в разработке и принятии нового Организационного статута Румынской православной церкви. Продолжил свою деятельность Союз православных клириков Бессарабии, миссионерское кишинёвское братство «Рождество Христово» и другие объединения клириков и мирян. Издавались газета «Миссионер», брошюры из серии «Библиотека православного миссионера» и «Библиотека православного христианина». В 1929 г. в Кишинëве состоялся второй, а в 1933 г. – четвёртый Миссионерский съезд Румынской церкви. После митрополита Гурия (Гросу) Бессарабской митрополией управляли Никодим (Мунтяну; ноябрь 1936 г. – июнь 1937 г.), бывший епископ Нижнедунайский Козьма (Петрович; июнь 1937 г. – февраль 1938 г.), бывший епископ Тигинский Ефрем (Енэкеску; март 1938 г. – июнь 1940 г., 1940 (?) – 1944 гг.). 12 января 1944 г. епископ Ефрем (Енэкеску) был избран архиепископом и митрополитом. Продолжал окормлять епархию до лета 1944 г. (ум. 5 декабря 1968 г. в монастыре Черника). На территории Бессарабской митрополии действовали монастыри и скиты Каприана, Ново-Нямецкий, Хыржавка, Сахарна, Куркь, Рэчула, Фрумоаса, Жабка, Добруша, Гырбовец, Суручень и др., было построено больше сотни церквей, столько же отреставрировано. Основывались школы для желавших принять монашеский постриг, число монашествующих возросло до 2400 человек. В монастыре Добруша была организована школа певчих. Издавались официальный орган митрополии журнал «Luminătorul» («Просветитель»), «Газета православной румынской миссии в Бессарабии» (1929–1940 гг.), еженедельник «Луч» (орган Содружества клириков Бессарабии). Студенты богословского факультета издавали журнал «Студент» (1928–1933 гг., до 1938 г. под другим названием). Редактором этого журнала, еженедельника «Луч» и журнала «Бессарабия» (с приложением «Литературная Бессарабия») был известный церковный публицист священник Василий Цепордей, сотрудничавший со многими церковными и светскими изданиями в Бессарабии и в Бухаресте. Для воспитанников семинарии издавались журналы «Наш язык» (Кишинëв) и «Звезда» (Измаил). В церковной периодике публиковали проповеди священники Александр Сквозников, Феодор Руднев, Павел Гросу. После провозглашения в августе 1940 г. Молдавской ССР была учреждена Кишинёвская и Молдавская епархия РПЦ, ставшая преемницей Кишинёвской и Хотинской.