Предполагавшаяся к упразднению пустынь была возрождена благодаря усилиям местного землевладельца Андрея Ивановича Чихачова, который обратился к властям нескольких губернских городов и своим знакомым с просьбой оказать материальную помощь обители. В ноябре 1852 г. А.И. Чихачов получил письмо из Москвы от мануфактур-советника Павла Матвеевича Александрова, пожелавшего благоустроить монастырь при условии введения в нём общежительного устава. На средства П.М. Александрова в 1850 гг. были выстроены: деревянный двухэтажный корпус для настоятеля и братии, двухэтажный корпус с трапезной, просфорней и кельями, ряд хозяйственных построек, за монастырской оградой – двухэтажная деревянная гостиница. Немного позднее был сооружён двухэтажный каменный корпус с настоятельскими покоями, в 1863 г. здесь некоторое время проживал на покое епископ Иустин. В 1854 г. П.М. Александров пожертвовал в Троицкий собор ценную утварь, облачения, хоругви и плащаницу; в 1856 г. на его средства палехские иконописцы изготовили для собора шестиярусный резной позолоченный иконостас. В начале марта 1854 г. по ходатайству игумена Георгия и по благословению Владимирского епископа Иустина (Михайлова) в Борковской мужской пустыни был введён общежительный устав по образцу Саровской пустыни. В конце XVII в. пустынью управляли строители. Анания Фёдоров в «Историческом собрании о богоспасаемом граде Суждале» сообщает, что в середине XVIII в. в Борковской мужской пустыни был «начальствующий игумен с братиями»; во второй половине XVIII – XIX вв. во главе монастыря стояли попеременно строители и игумены, с 1894 г. – игумены. Во второй половине XVIII – первой половине XIX вв. в Борковской мужской пустыни подвизались около семи насельников, после введения общежития – около 18 человек. К 1917 г. в пустыни жили настоятель, казначей, иеромонах, один – три иеродиакона, один – два монаха, 6–13 послушников. Борковская мужская пустынь владела капиталом в 58133 руб. в государственных процентных бумагах, ей также принадлежали 17 десятин пахотной земли, 15 десятин сенокосной, 137 десятин леса, 9 десятин земли под болотами, озёрами и огородами и под кладбищем, а также мельница на реке Лух в Гороховецком уезде. В Борковской мужской пустыни хранился почитаемый Казанский образ Божьей Матери в драгоценном окладе с частицами мощей. Древняя монастырская икона Святой Троицы была украшена серебряной золочёной ризой, устроенной тщанием епископа Мефодия. Почитавшаяся в монастыре чудотворная икона святителя Николая в драгоценном окладе, по преданию, была пожертвована в первый храм обители, посвящённый святителю Николаю, князем И.Д. Пожарским. Во Владимирском музее хранится рукопись с записью чудес от иконы, происходивших в XIX в. В силу устойчивости предания о существовании в Борковской мужской пустыни в XVII в. Никольского храма и почитании образа святителя Николая пустынь начиная с 1850 гг. именовалась Борковской Николаевской. Особо почиталась жителями слободы Холуй монастырская икона мученицы Фотинии Самаряныни с изображением Иисуса Христа, сидящего у кладезя. В обители совершались крестные ходы: в день Святой Троицы – в Троицкую церковь слободы Холуй, в день Святого Духа и в престольный праздник апостола Иоанна Богослова (26 сентября) – из Троицкой и Тихвинской церквей слободы в Борковской мужскую пустынь. Исследователи полагают, что Борковская мужская пустынь была закрыта в начале 1920 гг. В 1941–1945 гг. в монастырских постройках жили эвакуированные из Ленинграда дети. В настоящее время в них располагается детский дом. С 7 ноября 1958 г. до конца 1990 гг. в детском доме работал музей, организованный по инициативе директора детдома заслуженного учителя РСФСР В.В. Бормосова.