Из богословов льежской школы исследователи выделяют также Руперта Дойцского (ум. в 1130 г.). В XIII в. выходцев из Бельгии исследователи находят в Парижском университете; некоторые добивались видного положения среди французского епископата и даже в римской курии. Среди выходцев из Бельгии были Вильгельм из Мербеке – философ-неоплатоник, который перевёл труды Аристотеля на латынь, схоласты XIII в. Годфрид де Фонтен и Генрих Гентский, ставшие профессорами в Сорбонне, а также парижский теолог Сигер Брабантский. Духовная жизнь Бельгии конца XI в. ознаменовалась монастырской реформой в духе клюнийской реформы. С XII в. распространяются новые Ордена – цистерианцы и премонстранты. Бернард Клервоский дважды посещал территорию Бельгии (в 1131 и 1147 гг.), и уже при его жизни здесь было четыре цистерцианских аббатства. В 1181 г. был основан первый женский цистерцианский монастырь Херкенроде. В XIII в. цистерцианский монастырь Виллер в Брабанте под влиянием Хильдегарды Бингенской стал центром мистицизма, который начал распространяться и среди мирян; на XIII в. приходится расцвет движения бегинок и бегардов. Мистика бегинок оказала влияние на рейнландских мистиков последующего столетия и Яна ван Рейсбрука. XII–XIV вв. были временем экономического расцвета бельгийских земель: они стали частью «северо-европейского промышленного района», где были сосредоточены крупнейшие в Европе ремесленные корпорации, занимавшиеся текстильным производством. В Бельгии и Нидерландах происходил бурный рост городов, прежде мелкие посёлки превращались в процветающие коммуны, на основе закупок сырья и сбыта готовой продукции развивались сухопутная и особенно морская торговля с Англией, Ганзой и Средиземноморьем. Центром экономического развития стал Брюгге – богатейший город средневековой Северной Европы. В XII–XIII вв. влияние Римско-Германской империи ослабло, но в то же время на Фландрию усилилось давление укрепившейся власти французских королей. В 1180 г. французский король Филипп Август подчинил себе Фландрию, в 1187 г. епископство Турне стало прямым вассалом короля. В то же время экономически развитые городские общины Бельгии и Нидерландов имели достаточно сил, чтобы отстаивать свою независимость. Политика французских монархов стала причиной роста проанглийских настроений среди жителей Фландрии, а также привела к ряду конфликтов между королём и его вассалами и городскими общинами страны (известный эпизод – поражение королевского войска от городского ополчения в битве при Куртре в 1302 г.). С началом Столетней войны (1337–1453 гг.) между Францией и Англией часть бельгийских земель и городов выступили на стороне Англии, Льежское епископство – на стороне Франции. В период «авиньонского пленения пап» (XIV в.) епископы Бельгии фактически назначались по рекомендации французских королей. В XIV в. была установлена сумма аннатов, выплачиваемых каждым епископством. Схизма в католической церкви на рубеже XIV–XV вв. привела к открытому вооружённому столкновению между сторонниками Римского и «авиньонского» пап. Духовенство Фландрии высказалось в 1379 г. за признание Римского папы Урбана VI; миссия эмиссаров «авиньонского» папы Климента VII поначалу успеха не имела. Однако после взятия французскими войсками Брюгге (1382 г.) его жители были вынуждены признать «авиньонского» папу, хотя добиться того же от Гента французам не удалось.