Осенью 1943 г. в связи с наступлением Красной Армии Смоленско-Брянская епархия Белорусской церкви была упразднена. В 1945 – начале 1994 гг. территория Брянской области входила в состав Орловской епархии, которая именовалась «Орловской и Брянской». В 1923–1937 гг. существовала обновленческая Брянская епархия, которую возглавляли Алексей Замараев (21 августа 1923 г. – 25 июня 1924 г.), Пётр Виноградов (июль 1924 г. – октябрь 1925 г.), Тимофей Успенский (временно управлявший в 1926 г.), Николай Поликарпов (11 мая 1926 г. – 1928 г.), Александр Цветиков (с 29 января 1931 г.), Михаил Соколовский (24 мая 1933 г. – октябрь 1933 г.), Николай Поспелов (ноябрь 1933 г. – 1934 г.), Георгий Константиновский (с 22 марта 1934 г.), Владимир Досычёв (24 февраля 1935 – 11 ноября 1937 г.). Брянская епархия была воссоздана решением Священного Синода РПЦ 28 февраля 1994 г., архиепископом Брянским и Севским назначили Мельхиседека (Лебедева; с 13 марта 2002 гг. – на покое). Ко времени возобновления епархии в Брянской области действовали 84 прихода, три монастыря (два мужских и один женский), численность духовенства епархии составляла 105 священнослужителей. В 1994 г. в Брянской и Севской епархии началась активная реставрация храмов, к 2003 г. построено шесть новых церквей и четыре часовни, ведётся строительство 32 храмов. При епархиальном управлении работают отделы: реставрационно-строительный, миссионерский, издательский, по делам молодёжи, по взаимодействию с Вооружёнными Силами и правоохранительными органами, по взаимодействию с медицинскими учреждениями, по благотворительности. В 1995 г. в Трубчевске открылись двухгодичные епархиальные пастырские курсы. При храмах епархии существуют воскресные школы, с 1996 г. действует воскресная школа в брянской детской воспитательно-трудовой колонии. С января 2003 г. начато издание «Брянских епархиальных ведомостей», многие храмы епархии издают газеты. На брянской радиостанции «Чистые Ключи» выходит в эфир православная передача «Благовест», на местном радио в Клинцах – православная молодёжная программа «Юность». Священники окормляют больницы, дома престарелых, детские дома; по договорённости с Управлением исполнения наказаний Брянской области для духовного окормления заключённых и работников к каждому заведению управления прикреплён священнослужитель епархии. Епархия оказывает помощь семьям сотрудников УВД, погибших в Чечне, а также семьям погибших пожарных. В 2001 г. при содействии епархии в здании Управления государственной пожарной службы Брянской области открыт храм в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина». Одним из важнейших событий церковной жизни епархии стало второе обретение мощей князя Олега Романовича Брянского в 1995 г.; в настоящее время мощи святого открыто почивают во Введенском храме Петропавловского монастыря.