28 декабря 1998 г. епископом Бакинским и Прикаспийским определено было быть клирику Ставропольской епархии, благочинному православных приходов Азербайджана архимандриту Александру (Ищеину). 13 января 1999 г. совершено наречение архимандрита Александра во епископа Бакинского и Прикаспийского, 14 января – хиротония в Богоявленском кафедральном соборе в Москве. Кафедральным собором Бакинской и Прикаспийской епархии является бакинский собор во имя св. жён-мироносиц, в Баку также действуют собор в честь Рождества Богородицы (бывший кафедральный), храм во имя архангела Михаила, две часовни. Два других храма на территории Азербайджана расположены в Гяндже и Хачмасе, один приход (во имя Серафима Саровского) существует в Сумгаите. В Азербайджане осуществляют служение 14 священников и шесть дьяконов, для окормления верующих они выезжают в районы, где нет храмов и приходов. К РПЦ принадлежат проживающие в Азербайджане русские, украинцы, белорусы, греки, грузины, молдаване. В Дагестане служат 15 священников и два дьякона, действуют 11 храмов: в Махачкале, Дербенте, Хасавюрте, Каспийске, Избербаше, Буйнакске, Кизляре (два), сёлах Тарумовка и Крайновка, посёлке Кочубей; в селе Коктюбей существует община во имя святых апостолов Петра и Павла. В Чеченской Республике служат один священник и два дьякона, действуют храмы в Грозном и станице Наурская, также существуют общины в станицах Ищерской, Мекенской, Шелковской, Калиновской и Ханкале. При епархиальном управлении в Баку организованы миссионерский и издательский отделы, отдел по благотворительности. В приходах епархии работают воскресные школы и катехизаторские курсы. Священнослужители Махачкалинского, Кизлярского и Грозненского благочиннических округов епархии окормляют воинские подразделения, расположенные в Дагестане и Чечне. 25–28 мая 2001 г. по приглашению Президента Азербайджана Г. Алиева и председателя Высшего религиозного совета народов Кавказа А. Пашизаде в Баку с визитом находился Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Впервые в истории предстоятель РПЦ посетил Азербайджан. Во время визита патриарх совершил всенощное богослужение в соборе в честь Рождества Богородицы, освятил собор во имя св. жён-мироносиц и 27 мая совершил в нём первую после открытия Божественную литургию. К святыням епархии относится место у подножия Девичьей башни в Баку, где, согласно преданию, в 71 г. претерпел мученическую кончину через распятие вниз головой апостол Варфоломей. Каждый год в день памяти апостола, 24 июня, на этом месте при большом стечении духовенства и молящихся правящий архиерей совершает торжественный молебен. Постановлением Священного Синода от 22 марта 2011 г. приходы на территории Республики Дагестан, ранее входившие в состав Бакинской и Прикаспийской епархии, включены в состав новосозданной Владикавказской и Махачкалинской епархии. В настоящее время Бакинская епархия объединяет приходы Русской православной церкви на территории Республики Азербайджан. Решением Священный Синод от 22 марта 2011 г. титул архиерея изменён на «Бакинский и Азербайджанский».