В 1913 г. за кандидатскую работу ему была присуждена премия митрополита Иосифа (Семашко). 23 марта 1913 г. по ходатайству Совета Казанской духовной академии и по прошению Амфилохия ему была продлена командировка в Монголию ещё на год с обязательством после возвращения прослужить в профессорской должности в академии не менее пяти лет. После возвращения из командировки Амфилохий одновременно с преподавательской и научной деятельностью активно участвовал в работе историко-этнографического музея в Казани, был помощником директора. В 1913 г. музей стал учебно-вспомогательным учреждением для студентов миссионерского отделения, а с 1915 г. – и для слушателей миссионерских курсов. Амфилохий передал в дар музею большую коллекцию из более чем 100 предметов, включавшую изображения буддистских богов и богинь на полотне, из терракоты, бронзы, дерева и папье-маше, ксилографические доски для печатания молитв, принадлежности шаманского культа, чётки, китайские монеты и многое другое. 3 ноября 1914 г. в храме Казанской духовной академии состоялось крещение трёх китайцев, которые своим просвещением были целиком обязаны Амфилохию. В 1915 г. за отличную и усердную службу Амфилохий был награждён наперсным крестом. После Октябрьской революции, в 1918 г., поняв невозможность продолжения научной деятельности, уехал в Успенский мужской монастырь, находившийся в шести верстах от Красноярска, где пробыл до февраля 1919 г., затем вместе с пятью монахами удалился на озеро Тиберкуль в Минусинском округе. Здесь они основали скит, в котором подвизались два года. С 1921 г. Амфилохий служил в приходском храме села Белый Яр в Хакасии. В 1922 г. епископом Енисейским и Красноярским Зосимой (Сидоровским) был уволен от служения на приходе. В сентябре 1922 г. епископ Зосима перешёл в обновленчество, продолжая управлять Енисейской епархией. Епископ Зосима вызвал Амфилохия в Красноярск и предложил присоединиться к обновленцам. Отказавшись, в ноябре 1922 г. Амфилохий удалился в женский монастырь на реке Матур, где находился около полугода. Обновленцам стало известно место проживания Амфилохия, пользовавшегося большим авторитетом среди православных, и, чтобы избежать преследований, Амфилохий уехал вместе с несколькими монахами и монахинями в тайгу, где организовал скит. В октябре 1923 г. насельники скита были арестованы ОГПУ, но, поскольку никаких обвинительных материалов против них не оказалось, вскоре были освобождены. В июне 1924 г. Амфилохий стал настоятелем минусинской кладбищенской церкви, где открыто выступил против обновленцев, обличая их в отступлении от православия. Обновленцы попытались завладеть церковью и обратились за помощью в ОГПУ, Амфилохий был арестован, но вскоре освобождён за отсутствием обвинительного материала.