Изменена судебная компетенция Архиерейского собора: он стал судом высшей инстанции, правомочным судить в первой и последней инстанции по догматическим и каноническим отступлениям в деятельности патриарха (ранее это было компетенцией Поместного собора), в последней инстанции по разногласиям между архиереями и по обвинению их в канонических правонарушениях, а также по всем делам, переданным ему общецерковным судом. Руководство Архиерейским собором по новому Уставу осуществляется на тех же основаниях, которые были предусмотрены прежним Уставом. Решения на соборе принимаются простым большинством голосов открытым или тайным голосованием. Когда при открытом голосовании голоса разделяются поровну, перевес дает голос председателя, в случае тайного голосования при равенстве голосов проводится повторное голосование. Постановления Архиерейского собора вступают в силу сразу после их принятия. Причем в отличие от предусматривавшегося прежним Уставом последующего утверждения всех постановлений Архиерейского собора Поместным собором новый Устав предусматривает такое утверждение лишь по догматическим и каноническим вопросам. В соответствии с новым Уставом изменился статус Архиерейского совещания, действующего в рамках Поместного собора. Если раньше оно могло отменить постановление, принятое на заседании Поместного собора только квалифицированным большинством в 2/3 голосов (данное положение Устава 1988 г. не давало епископату полноты контроля за ходом соборных деяний, т.к. отменить решение, принятое собором в полном составе, можно было только 2/3 голосов присутствующих архиереев, даже если принятое решение прошло на пленарном заседании Поместного собора простым большинством хотя бы и в один голос), то ныне для этого достаточно простого большинства. Архиерейское совещание может быть созвано Председателем собора, Советом собора или по предложению 1/3 архиереев. В его задачу, как это было предусмотрено и прежним Уставом, входит обсуждение тех постановлений, которые особенно важны либо вызывают сомнение с догматической и канонической точки зрения. Если решение собора отвергается большинством присутствующих архиереев, оно повторно выносится на соборное рассмотрение. Если же и после этого большинство архиереев его отвергнут, оно теряет силу. Через этот механизм окончательная редакция решений Поместного собора в соответствии с основополагающими каноническими принципами поставлена под контроль епископата. Одним из главных вопросов в повестке Архиерейского собора, прошедшего в октябре 2004 г., было принятие определений по каноническому сближению Русской православной церкви и Русской православной церкви зарубежом. Архиерейский собор является органом высшего управления Украинской православной церкви (Московского патриархата), обладающей широкой автономией в составе РПЦ, а также Белорусского экзархата. Во всех автокефальных православных церквах Архиерейский собор является органом высшей власти и управления, при этом он имеет в разных церквах разные официальные наименования. В Сербской церкви он именуется Святым Архиерейским Собором, в Румынской – Священным Синодом, в Болгарской – Святейшим Синодом в полном составе (в отличие от Синода в малом составе – органа, аналогичного Священному Синоду РПЦ), в Элладской Церкви – Святейшим Архиерейским Синодом. В Римско-католической церкви под собором («Вселенским», поместным) подразумевается исключительно собор епископов, каковым является также Синод и Конференция епископов. На «Вселенский» собор могут быть призваны и другие лица, но только «епископы, являющиеся членами Коллегии, и только они одни, вправе и обязаны участвовать во Вселенском Соборе с правом решающего голоса».