Большое строительство в монастыре началось со второй половины XVII в. В 1647–1674 гг. в Троицком монастыре была возведена трехъярусная звонница, поставленная на широком четырехугольном основании и увенчанная тремя шатрами. На третьем ярусе были устроены «боевые» часы, разобранные в XIX в. во время перестройки звонницы. В 1677–1698 гг. Троицкий собор с четырех сторон окружили двухэтажные корпуса келий, построенные квадратом. В 1681 г. была сооружена надвратная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи над южными воротами, а в 1692–1698 гг. был построен Троицкий собор. Его строили костромские мастера Петр Потехин и Яков Агафонов. Собор был расписан Леонтием Марковым в 1715 г. Иконостас с иконами XVII в. исполнила группа тихвинских и новгородских живописцев. Храмовые иконы «Св. Александр Свирский» и «Явление Святой Троицы преподобному Александру Свирскому» писал новгородский иконописец Родион Сергеев. В 1764 г. Свято-Троицкий Александро-Свирский монастырь был разделен: Троицкий монастырь стал резиденцией епископов Олонецких и Каргопольских (до 1786 г.), а Преображенский монастырь – самостоятельным. При Троицком монастыре была открыта Олонецкая Духовная семинария. После ликвидации епископской кафедры Свято-Троицкий Александро-Свирский монастырь постепенно начал приходить в упадок, но по-прежнему привлекал много паломников. В 1858 г. в нем побывал император Александр II. В начале XX в. в монастыре насчитывалось около 200 насельников. В 1917 г. на монастырь было совершено нападение. Мощи Александра Свирского были изъяты из монастыря, а в 1918 г. отправлены в Военно-медицинскую академию Санкт-Петербурга. Монастырь был закрыт, а на его территории размещена психиатрическая больница. В начале 1990-х гг. власти передали Русской православной церкви Свято-Троцкий собор. В 1995 г. здесь было создано православное братство преподобного Александра Свирского, которое поставило своей целью помочь возрождению монастыря. 19.8.1997 г. произошла официальная передача монашеской братии Александро-Свирской обители. Начались постоянные богослужения и молебны. Второй раз были обретены мощи Александра Свирского, которые были переданы Русской православной церкви 28.7.1998 г. На данный момент мощи находятся в церкви Св. Захарии и Елизаветы, прилегающей к Преображенскому собору. В настоящее время настоятелем является игумен Лукиан (Куценко).