С этого фильма, получившего десятки национальных премий и «Оскар» за лучшую ленту на иностранном языке, начался для Педро Альмодовара второй период расцвета. Все четыре фильма, вышедшие в 1999–2006 гг., были признаны мировой кинопрессой шедеврами. В 2002 г. фильм «Поговори с ней» принёс Педро Альмодовару «Оскар» за лучший сценарий. Триумфу Педро Альмодовара сопутствует обострение отношений с киноакадемией Испании, которая не выдвинула «Поговори с ней» на соискание «Оскара» в номинации «Лучший иностранный фильм». В 2005 г., когда следующий фильм Педро Альмодовара, «Дурное воспитание», не получил ни одной премии «Гойя», он вместе с братом объявляет о выходе из состава академии, объяснив это несогласием с системой голосования, не позволяющей победить в номинации при небольшом количестве голосов «за». С 2004 по 2011 гг. были выпущены пять фильмов Педро Альмодовара, среди которых наиболее заметными исследователи называют «Дурное воспитание», «Возвращение», «Разомкнутые объятия» и «Кожа, которой я живу». В 2016 г. в рамках основного конкурса 69-го Каннского международного кинофестиваля был показан фильм Педро Альмадовара «Джульетта». В марте 2019 г. состоялась мировая премьера драмы режиссёра «Боль и слава» с Антонио Бандерасом. Картина была удостоена приза Каннского кинофестиваля за лучшую мужскую роль, а также двух номинаций на премию «Оскар» и двух номинаций на «Золотой глобус». В июне дирекция Венецианского кинофестиваля приняла решение вручить Педро Альмодовару почётную награду «Золотой лев Святого Марка». В 2020 г. на экраны вышел короткометражный фильм Педро Альмодовара «Человеческий голос» с Тильдой Суинтон в главной роли. Фильм поставлен по пьесе Жана Кокто. В 2021 г. вышел фильм «Параллельные матери». Для Педро Альмодовара и Пенелопы Крус этот фильм стал восьмой совместной работой. В фильмах Педро Альмодовара, особенно ранних, представлена жизнь трансвеститов и маргиналов; они полны эпатирующих персонажей и, тем не менее, кинематограф Педро Альмодовара выходит далеко за рамки жанрового «гейского» кино. Особенно интересует исследователей его работа с женскими персонажами. Его творчество тесно связано с национальным менталитетом испанцев. Исследователи отмечают влияние барокко, поэтики эсперпенто, особенно театра Валье-Инклана и фильмов Буньюэля. К типично испанским чертам исследователи относят, в частности, соединение трагического и фарсового начала. Бушующие на экране эмоции передаёт и сочная цветовая гамма, ставшая элементом фирменного стиля Педро Альмодовара: «Альмодовар стал культурным героем Испании, творцом её нового постмодернистского образа. В этом образе ключевую роль играет рекламный дизайн, использующий яркие, «химические» цвета – жёлтый, синий, малиновый; подающий крупным планом такие эротичные фрагменты человеческого тела, как глаза, ноги, пальцы рук с накрашенными ногтями и, конечно, губы, которых в фильмах Альмодовара можно встретить несчётное количество – капризных, вожделеющих, презрительных, обещающих, призывных. В острых композициях с ними, с лёгким оттенком сюра, оказываются неодушевлённые предметы – срезанные цветы, ножницы, кольца, чёрные очки, кожаные платья, цилиндрики губной помады и туфли на высоких каблуках».