В 1817 г. восстановленная Андрусовская пустынь по ходатайству игумена Иннокентия была приписана к Валаамскому монастырю, откуда в неё перевели шесть монахов, первым строителем пустыни стал иеромонах Тихон (1817–1820 гг.). В 1819 г. Андрусовскую пустынь посетил император Александр I, приславший вскоре в монастырь богослужебные книги и сосуды. При втором строителе – иеромонахе Кирилле (1820–1822 гг.) – была выстроена деревянная ограда и кельи. В 1822–1826 гг. обитель находилась под непосредственным управлением настоятеля Валаамского монастыря игумена Иннокентия. В 1828 г. Андрусовская пустынь была переведена из Санкт-Петербургской в учреждённую Олонецкую епархию и получила самостоятельное управление. Трудами иеромонаха Иосифа (с 1826 г. – строитель, в 1828–1835 гг. – настоятель) на месте обветшавшей деревянной Введенской церкви был возведён каменный собор. Мощи преподобномученика Адриана с 1828 (либо с 1830) г. покоились под спудом в нише южной стены Никольского храма, между алтарём и правым клиросом. Над мощами была сооружена деревянная рака с живописными изображениями преподобного (современное местонахождение мощей исследователям неизвестно). Почиталась в обители чудотворная икона святителя Николая, находившаяся в Никольском храме. В 1882–1883 гг. на месте мученической кончины основателя пустыни, в 30 верстах от обители, близ села Обжи, местными жителями была выстроена часовня в память об избавлении по молитвам святому от сибирской язвы в 1873 г. В честь этого события ежегодно 14 июня совершался крестный ход из села Обжи к часовне. Средства для содержания Андрусовская пустынь получала за счёт земледелия, огородничества, рыболовства, отчасти скотоводства. Много потрудились для развития монастыря следующие строители: иеромонах Феодор (1835–1852 гг.), иеромонах Мефодий (1856–1857 гг.), иеромонах Гавриил (1857–1859 гг.). В 1860 г. иеромонах Мефодий вновь был утверждён строителем, в 1871 г. возведён в сан игумена. Его сменили игумены Моисей (1875–1878 гг.), Зосима, Антоний, архимандрит Савватий, иеромонах Геннадий, иеромонах Сергий. К 1917 г. в обители было девять монахов, три послушника и около 30 трудников. К концу 1930 гг. монастырь был закрыт, на его территории размещалась пограничная военная часть. В 1970–1980 гг. монастырские постройки были окончательно разрушены.