В 1727 г. Астраханский во имя Иоанна Предтечи монастырь лишился соляного промысла. В 1760 г. губернская канцелярия предоставила обители сенокосные угодья на островке между реками Болда, Басурманская и Яманцуг. В 1790 г. из рыболовных доходов архиерейского дома монастырю было назначено 120 руб. Указом от 18 декабря 1797 г. из казны монастырю отпускалось 300 руб. в год. В XIX в. Астраханский во имя Иоанна Предтечи монастырь получал небольшое денежное содержание от князей Куракиных и доходы от пароходной пристани на Волге, садов на Ивановском бугре, Ивановского сенокосного острова на реке Черепахе, Балачугских сенокосных угодий. После упразднения в 1873 г. астраханского Преображенского монастыря часть его имущества была передана Астраханскому во имя Иоанна Предтечи монастырю. Астраханский во имя Иоанна Предтечи монастырь был центром духовного просвещения края. В июне 1722 г. при нём была открыта школа для детей церковнослужителей, в 1730 г. архимандритом Никодимом (Ленкевичем) – школа для детей калмыков. В 1733 г., когда архимандрит Никодим был уволен по болезни на покой в киевский Златоверхий во имя архангела Михаила монастырь, школу перевели в астраханский Преображенский монастырь. В 1850–1880 гг. при монастыре обучались от 15 до 40 детей. В 1886 г. было построено каменное школьное здание, в 1902 г. школа была переведена на нижний этаж нового настоятельского дома. В 1918 г. комиссией Астраханского губернского исполкома по отделению церкви от государства было принято решение о передаче храмов, не имеющих приходов, общинам близлежащих приходов. 10 января 1919 г. все здания обители были национализированы, палаты наместника и кельи братии отданы под жилые дома, другие помещения – под хранилища. В 1920 гг. монастырские храмы были захвачены обновленцами (см. Обновленчество). В 1930 гг. были разрушены стены вокруг монастыря, храм св. Иоанна Предтечи. Решением исполкома горсовета от 5 июля 1940 г. часть монастырских зданий, находившихся в аренде у «Заготзерна» и «Сахаросбыта», была разобрана, стройматериалы переданы районным жилищным управлениям и ремонтно-строительным организациям. Сохранившиеся постройки Астраханского во имя Иоанна Предтечи монастыря являются охраняемыми государством памятниками архитектуры. В 1994 г. при Сретенской церкви, переосвящённой в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи с приделами Иверской иконы Божьей Матери и Тихона Задонского, сложился приход, началось восстановление обители. По ходатайству Астраханского епископа Ионы (Карпухина) указом Священного Синода РПЦ от 22 февраля 1995 г. Астраханский во имя Иоанна Предтечи монастырь был передан Астраханской епархии, наместником 25 апреля 1995 г. назначен иеромонах Иосиф (Марьян), 10 октября 1998 г. – иеромонах Филипп (Трещёв), 31 декабря 2000 г. – иеромонах Пётр (Барбашов). На 2001 г. обители принадлежали помимо Иоанно-Предтеченского храма, где находится чтимая Иверская икона Божьей Матери, несколько келий в монастырских зданиях и хозяйственные помещения; в число братии монастыря входили наместник, два иеромонаха, иеродиакон, монах, послушник. В обители ведутся активные восстановительные работы, создаётся просветительский центр.