Митрополит Минский и Слуцкий Филарет (Вахромеев), председатель Богословской комиссии при Священном Синоде РПЦ, созданной 27 декабря 1993 г. и ставшей преемницей Комиссии Священного Синода по христианскому единству, образованной в 1963 г., выступил с докладом «Об отношении Русской Православной Церкви к межхристианскому сотрудничеству в поисках единства». Подробно изложив историю экуменического движения, митрополит Филарет чётко обозначил как положительные, так и негативные стороны этого процесса, особо остановившись на неоднозначном отношении православных священнослужителей и мирян к «экуменической молитве о единстве христиан». В ходе острой полемики по вопросу о взаимоотношениях РПЦ с инославным миром, об участии в ВСЦ, выступавшие отмечали негативные стороны в деятельности ВСЦ, которые уводят Совет далеко от задачи, поставленной при создании этой организации, – соединение церквей на фундаменте наследия древней церкви. В определении «Об отношении Русской Православной Церкви к межхристианскому сотрудничеству в поисках единства» архиерейский Собор поручил Богословской комиссии провести историко-богословское исследование как самого экуменического движения, так и вопросов участия РПЦ в его деятельности, а также изучить вопросы, вызывающие особую тревогу у духовенства РПЦ, в том числе вопрос о совместной молитве. В отчётном докладе, посвящённом деятельности Богословской комиссии, особое внимание было уделено итоговому документу Смешанной комиссии по богослвоскому диалогу между православной церковью и Восточными церквами, принятому в 1990 г., – «Второму общему заявлению и предложению Церквам». При этом Комиссией был сделан ряд критических замечаний, связанных, главным образом, с христологической терминологией в документе. В принятом на основании этого доклада определении архиерейского Собора подчёркивалось, что «Второе общее заявление» не может рассматриваться как окончательный документ, Богословской комиссии поручалась его серьёзная доработка. С отчётными докладами на Соборе также выступили исполняющий обязанности председателя Учебного комитета епископ Верейский Евгений (Решетников) и председатель Отдела религиозного образования и катехизации игумен Иоанн (Экономцев). В ходе соборной дискуссии неоднократно со стороны архипастырей звучала критика состояния дел в Отделе религиозного образования и катехизации и Издательском отделе; высказывались предложения о слиянии Отдела религиозного образования с Учебным комитетом; выступавшие поддержали мысль, выраженную в докладе патриарха, о реорганизации порядка церковного управления издательским делом. По итогам обсуждения Собором были приняты соответствующие определения, в том числе определение «Об установлении особого ежегодного поминовения усопших в день Победы 9 мая (26 апреля)». Собор издал обращение в связи с началом воссоздания храма Христа Спасителя.