Несмотря на влияние египетской, вавилонской и греческой культур, а также на свойственное торговому народу стремление заимствовать знания от чужеземцев и на способность приспосабливаться к местным условиям, религия финикийцев сохранилась в более чистом виде, нежели религия сирийцев. Однако хотя финикийцы сумели сохранить собственные религиозные формы, многие божества, почитавшиеся финикийцами (например, Дагон, Анат или Решеф), были заимствованы у других народов.

Главным божеством ханаанского пантеона был Эль («Господь»), олицетворявший высшую силу, действующую во всех делах людей и божеств. Его именовали «отец людей» (аб-аат) и «милостивый, милосердный» (рахман), что, возможно, указывает на его высший моральный авторитет. Его также именуют «быком», что указывает на его силу. Именно так он представлен на стеле из Рас-Шамры в виде человекообразной фигуры с бычьими рогами. Бог изображен сидящим, хотя обычно его принято изображать в позе стоящего воина, готового к нападению. Эль именовался также «создателем всех вещей»; его считали родоначальником царской власти. В образе Эля воплощено ханаанское представление о высшем всемогущем Боге, властном над любой злой силой. Наименование «Баал» могло употребляться и как титул, обычно означающий носителя власти, поскольку ханаанцы считали, что верховная власть имеет божественное происхождение, чему соответствует его трактовка как главного божества в их культе плодородия.

Баал, или Ваал считался наиболее активным божеством. Он выступает как воин, противостоящий силам хаоса и беспорядка. Баал всегда побеждает, сохраняя стабильность в мире, он вечно молод и энергичен; его обычно характеризуют как «могущественного» (адир) или «самого могущественного из всех героев» и именуют правителем, т.е. Баал-зебул, отождествляя с ветхозаветным Экроном.

В молитвенных текстах упоминается также богиня плодородия Анат, или Ашера. О поклонении этой богине часто упоминается в Ветхом Завете, возможно, она является богиней, известной с начала III тысячелетия до н.э. как «Госпожа из Библоса». Возможно также, что именно она изображена на египетской статуе обнаженной женщины (XVIII или XIX династии), сидящей на льве, где она именуется Кодшу, что, возможно, означает «священная проститутка». Этот лев обычно ассоциируется с Анат, или Астартой.

Богиня Астарта, часто упоминаемая в Ветхом Завете и финикийских надписях, начиная с I тысячелетия до н.э., редко встречается в рас-шамранских текстах. Однако нет сомнений в том, что на большинстве глиняных табличек в изображениях обнаженной богини представлена именно она. В месопотамских верованиях ей соответствует Иштар, богиня, отождествляемая с Венерой (Утренней звездой). Под именем Ахтар она действует в мифах о плодородии как олицетворение женского начала, противоположного власти Баала. В целом можно сказать, что главным среди верований как семитских, так и несемитских народов был культ богов плодородия, в котором центральное место занимала пара Баал и Анат, а Эль считался повелителем богов и людей.

Во всей финикийской религии преобладает мрачное представление о враждебной и разрушительной силе Баала и боязливое чувство зависимости. Обозначение божества словом «эль» (во множественном числе – «элим», или «элохим») встречается редко. Кстати, словом «элохим» обозначаются боги в первой части Библии, в главе Бытие. Каждый город и каждое племя по-своему почитали собственного Баала, в котором они видели своего покровителя и защитника.