Новый папа был первым из поселившихся в Ватикане. Он сразу же издал декрет о выборах папы, согласно которому при жизни папы запрещалась всякая «предвыборная агитация», а папе предоставлялось право называть своего преемника. В случае же его тяжелой болезни или неожиданной смерти избрание нового папы поручалось клиру. Прежняя традиционная форма выборов, как тогда выражались, «клиром и миром» упразднялась.

Несмотря на декрет о выборах папы, короли-варвары постоянно вмешиваются в дела Церкви. Так, папа Иоанн I стал неугоден Теодориху, поскольку не выполнил его поручение о льготах арианам. Правда, Иоанн пытался это сделать через Константинополь, но безуспешно. Тогда по указанию короля он был брошен в темницу, где и скончался. По указанию того же Теодориха был избран папой Феликс IV, а затем и первый германский папа – Бонифаций II. Тот пытался «проводить свою линию», независимую от короля, но был вынужден публично признать себя виновным в оскорблении его величества. Следующие папы при остготских королях тоже утверждались ими, за что должны были выплачивать им значительные суммы. А чтобы узаконить это мздоимство и закрепить его только за высшим лицом, в 532 г. римским Сенатом был издан декрет о запрещении подкупа папских избирателей. Остготский король Аталарик приказал префекту Рима вырезать этот декрет на мраморной доске и прибить ее к церкви св. Петра. Тем самым арианское остготское королевство стремилось укрепить свою базу в Италии, в то время как Византия мечтала о воссоединении империи.

Однако после смерти Юстиниана I в 565 г. Византия вступила в полосу неудач и упадка, относительно сильное государство Меровингов будоражили так сказать «семейные разборки», чем не замедлили воспользоваться лангобарды (т.е. «длиннобородые»), которые напали на Италию в 568 г. Папы Иоанн III, Бенедикт I и Пелагий II пытались вести переговоры с франками против ариан-лангобардов, но безуспешно. Варварское государство, укрепившись, просуществовало 200 лет, пока его не завоевал Карл Великий. Пелагий II, видя бесполезность противодействия лангобардам, склонился к мирным переговорам с оккупантами. Это противоречило замыслам Константинополя, там воспользовались ситуацией, и в 582 г. византийский патриарх провозгласил себя Вселенским, т.е. главой всей Восточной Церкви и равным папе. Тем самым на пути обособления двух Церквей был сделан очередной шаг.

Римская Церковь получила свое дальнейшее возвышение при понтифике Григории I Великом, известном в православной традиции под именем «Двоеслова». О нем следует сказать особо. На первый взгляд он не совершил ничего выдающегося. Как римский первосвященник он уступал могуществом, влиянием и, наверное, талантом жившему спустя четыреста лет Григорию VII. Он не прославил себя суровым аскетизмом, как основатель монашества Антоний; не достиг таких глубин в богословии, как Григорий Назианзин; не обладал ученостью Иеронима, и проповеди его, с точки зрения красноречия, уступали проповедям Иоанна Златоуста. Тем не менее, он по праву признан одним из величайших отцов Церкви, потому что стал для многих поколений образцом в деле пастырского служения.

Его современник, церковный историк Григорий Турский, писал о нем, что был он в городе выше всех по знанию. Это лестное свидетельство следует, однако, принимать с оговорками.