Преемником Ватаца стал его сын Феодор II Ласкарис, человек творчески одаренный, но плохой правитель. Его заслуги целиком относятся только к культуре. Он превратил Никеи в центр возрождения эллинской цивилизации. К этому времени сникло раздираемое внутренними противоречиями Эпирское королевство, и оно попадает в зависимость от Никеи.

Третье государство, выделившееся из Византии и не покорившееся крестоносцам, – Трапезундская империя с самого начала обособилось и проводило независимую политику. Империя была основана при содействии грузинской царицы Тамары, поставившей во главе государства внуков последнего византийского императора Андроника I Комнена – Алексея и Давида. Именно этот Давид вошел в историю под именем Давида Строителя. Он сумел расширить границы Грузинского царства от Черного до Каспийского морей. Но изолированная и удаленная от главных центров на Средиземном и Эгейском морях Трапезундская империя не приняла сторону Никеи против латинян. Расцвет империи Комненов относится к концу XIII – середине XV вв.

Вся тяжесть борьбы за объединение Византии, таким образом, легла на плечи Никейского королевства. В результате дворцовых интриг престол захватил ставленник высшей феодальной знати Михаил VIII Палеолог, ослепив при этом Иоанна IV Ласкариса, малолетнего сына умершего к тому времени Феодора II. Палеологу сразу же пришлось вступить в противоборство с оппозиционной коалицией Эпирского государства, Сицилийского королевства, Ахейского княжества и королевства Сербии. Разбив их в 1259 г., он подписал договор с Генуей, предоставив ей привилегии в обмен на помощь против Венеции и Латинской империи. В июне 1261 г. он почти без сопротивления взял Константинополь, восстановив Византийскую империю, а Никейская и Латинская империи перестали существовать. Михаил VIII Палеолог стал основателем новой династии византийских императоров, которая с некоторыми перерывами будет царствовать еще 200 лет.

Но ему досталось тяжелое наследие. Некогда блестящая столица была опустошена, сократились и границы империи. Кроме того, под предлогом свержения узурпатора и возвращения трона Ласкаридам поднялось восстание. Появился и новый враг – младший брат французского короля Людовика IX Карл I Анжуйский, пытавшийся восстановить Латинскую империю. При поддержке папы Климента IV Карл I в 1268 г. стал королем Сицилии и Неаполя, основоположником Анжуйской династии в Италии и Венгрии.

Хитрый политик, Михаил VIII Палеолог, подавив внутреннее противостояние, расколол антивизантийскую коалицию и сделал неожиданный шаг – пошел на примирение с главным врагом греков, т.е. папой Римским Григорием X. В 1274 г. на II Лионском Вселенском соборе была подписана уния западной и восточной Церквей. Греки признавали главенство папы, взамен папа обещал Михаилу помощь в борьбе с его врагами. И хотя уния вызвала противодействие православных христиан и полностью провалилась, она дала некоторую передышку Михаилу. Позднее, уже при папе Мартине IV, он привлек на свою сторону испанского короля Педро III Арагонского, который захватил Сицилию и тем самым отвлек от Византии Карла Анжуйского.