Латинские и немецкие архиереи с неудовольствием наблюдали за деятельностью Константина и Мефодия, писали на них жалобы в Рим. При этом особенно много нареканий вызывало практикуемое ими богослужение на славянском языке, в чем усматривалась ересь, поскольку считалось, что Бога можно славить только на трех языках: еврейском, греческом и латинском. Братья не посчитали обвинения пустыми, и решили заручиться поддержкой папы. Возникает вопрос: почему не константинопольского патриарха или византийского императора, от лица которых они обращали в христианство славян? Тем не менее, они отправились в Рим, захватив с собой задолго до того обретенные в Крыму мощи св. Климента. Но именно это обстоятельство (т.е. обретение мощей святого) обеспечило им успех всей поездки. Папа Адриан II принял греческих миссионеров с большой торжественностью и без всяких колебаний поддержал все их начинания (хотя логики в этом нет никакой, поскольку миссионеры, действовавшие по указанию Восточной Церкви, угодили Церкви Западной). В храме Св. Петра в их честь отслужили на славянском языке литургию, а в храме Св. Павла – всенощную. Этими событиями, как сообщают авторы житий, завершилось миссионерское служение Константина. Находясь в Риме, он заболел и, предвидя скорую кончину, принял схиму (только тогда, за несколько дней до смерти, он получил имя Кирилл, под которым вошел в историю). Опять же напрашивается вопрос: зачем ему нужно было принимать схиму? Схима принимается для того, чтобы изменить имя: Константином он стал в Константинополе, а Кириллом – в Риме. Выходит, что он изменил политическую ориентацию? Умер, говорят, Кирилл в феврале 869 г. и был погребен в римской церкви св. Климента.

Похоронив брата, Мефодий один продолжил начатое ими дело. Как раз в это время паннонский князь Коцела обратился к папе с просьбой прислать ему христианских миссионеров. Папа отправил в Паннонию Мефодия, предварительно посвятив его в епископы. Исполнив возложенное на него поручение, Мефодий решил ехать из Паннонии в Великую Моравию, где за три истекшие года произошли значительные перемены. Князь Ростислав уже был свергнут. К власти с помощью немцев пришел его родственник Святополк. Он встретил Мефодия недружелюбно и спустя короткое время передал его в руки немецких епископов, давно добивавшихся над ним суда.

Процесс над Мефодием начался в 870 г. в Регенсбурге и проходил тайно от Рима. В вину греческому миссионеру поставили то, что он ведет проповедь на немецких землях. Это обвинение, по сути, являлось главным, ибо все остальные придумывались только для видимости. Было очевидно, что неудовольствие было вызвано, прежде всего, политическими причинами, в жертву которым они готовы были принести дело христианизации язычников. Мефодий не замедлил упрекнуть в этом судей. Спор был острый, врагов было много.

В результате Мефодий был отправлен в швабский монастырь, где провел в строгом заключении более двух лет и претерпел много страданий. Наконец, весть о его заточении дошла до папы Иоанна VIII. Он тотчас послал гневное письмо к Германариху, епископу Пассау, как видно, главному виновнику всего дела. Письмо заканчивалось угрозой отречения. Такое же резкое письмо он послал фрейзингенскому епископу Аннону. Только после этого Мефодия освободили.