Для борьбы с расколом вначале в Москве, а с 1838 г. и в крупных губернских городах создавались специальные комитеты, в которые входили епархиальные архиереи, губернаторы и жандармские офицеры. С 1840-х гг. практиковалось направление в так называемые «зараженные расколом» губернии специальных комиссий из чиновников Министерства внутренних дел с чрезвычайными полномочиями. В результате были ликвидированы многие старообрядческие центры в Саратовской, Нижегородской и Черниговской губерниях.

Положение старообрядцев в годы «великих реформ» Александра II, несмотря на отдельные и довольно острые конфликты, которые, в частности, привели к образованию так называемой Белокриницкой иерархии, в целом улучшилось. Российская власть в результате признала тот факт, что старообрядческий раскол – это историческая данность, а не предрассудок или злой умысел. Императорскими указами 1883 г. старообрядцам был дан полный объем гражданских прав, а также разрешены как общественные, так и домашние богослужения. Им дозволялось открытие новых и ремонт старых молитвенных зданий, но по особому разрешению.

Несмотря на эти меры, положение старообрядцев оставалось достаточно сложным. Юридически они считались принадлежащими к православной Церкви, поскольку законный выход из господствующего вероисповедания государством предусмотрен не был. Но старообрядческие общины не имели прав юридического лица, а духовенство – признанного статуса. Поэтому в ходе вероисповедных реформ первого десятилетия XX в. проблема старообрядчества стояла крайне остро.

На рубеже XIX–XX вв. в государственно-церковных отношениях Российской империи нарастал кризис. Пытаясь удержать трансформировавшееся российское общество в тоталитарных рамках имперской политической системы, власть искала опору в традиционных мировоззренческих устоях, емко выраженных в формуле «самодержавие, православие, народность». Эта тенденция нашла наиболее полное выражение в деятельности одного из влиятельнейших государственных деятелей эпохи императора Александра III обер-прокурора Синода К.П. Победоносцева. Он оказывал значительное влияние на политический курс Александра III и был автором царского манифеста 1881 г. «О незыблемости самодержавия».

Победоносцев являлся страстным апологетом православия, в котором он видел корень всей жизни народа, главные ключи всякого добра и правды на земле. Во всей своей деятельности он твердо отстаивал нерасторжимость религии и государства. С его точки зрения, в России, где Церковь и государство всегда были взаимной опорой друг другу, их разделение стало бы гибельным для обоих. Считая, что Петр I введением синодальной системы церковного управления предотвратил такое разделение, обер-прокурор решительно выступал против восстановления патриаршества, хотя в его пользу высказывалось большинство архиереев во главе с первоприсутствующим в Синоде митрополитом Антонием.