Екатерина II осторожно приближалась к реформе секуляризации, но про себя твердо знала, чего она хочет, во что она верит. Чуждая мистицизма и даже тонкой эстетической чувствительности, новая императрица обладала большой интеллектуальностью рационалистического склада. Но свое уставное благочестие Екатерина вначале практиковала с убеждением, что таков долг монарха перед верой народа. Для этого она ходила из Москвы пешком на богомолье в Троице-Сергиеву лавру, целовала руки попам, ездила в Киев и поклонялась там печерским угодникам.

Открыто выполнение задуманной реформы началось указом 1762 г. об учреждении Особой Комиссии и предписанием ей определенной инструкции. В сентябре 1762 г., по случаю коронации, Двор, Сенат и Синод собрались в Москве, и комиссия по ликвидации церковных поместий должна была открыть свои действия. Задуманная реформа, кружившая голову крестьянству, не утаилась от него. Был пущен слух, что духовные власти теперь уже не господа. Крестьяне прекратили платеж оброков, не шли на работы, грабили склады, снимали урожаи в свою пользу.

Созданная для проведения секуляризации Комиссия, получившая печальное название «Комиссия Экономии», то ликвидировалась, то восстанавливалась. Наконец, в последний раз была собрана в 1769 г., но уже без участия духовенства, из чиновников светских и государственных. Она продолжила работу вплоть до 1786 г., но в результате черное и белое духовенство было повсеместно, включая Белую и Малую России, переведено на грошовое жалованье из Государственного Казначейства. Утилитарный дух Петра во имя всеобщей повинности служения государству заковал все сословия в рамки государственного тягла, а Екатерина завершила этот процесс, лишив их материальной базы, т.е. вотчинных наделов землей.

Но окончательно синодальная модель церковно-государственных отношений в России оформилась в годы правления императора Николая I. Это нашло свое отражение в принятых в 1832 г. «Основных государственных законах Российской империи», утверждавших господствующее положение православного вероисповедания. После упразднения патриаршества уровень теократической легитимизации царской власти первоначально даже вырос, поскольку усвоение монархом функций главы Церкви наложилось на отношение к нему как к «местнику Божию». Это привело к тому, что восприятие монарха в качестве образа Бога сделалось фактом русского религиозного сознания. Однако противоречивость подобного представления о российском императоре стала осознаваться уже с начала XIX в. Это сформулировал митрополит Филарет: «Никакое сотворенное существо не может быть почтено именем Единородного Сына Бога Отца». Тем не менее, на деле в руках императора сосредоточилась вся полнота церковной власти, поскольку Синод оказывался всего лишь учреждением государственного управления Церковью.

В XVIII–XIX вв. состав Синода и структура его учреждений претерпели длительную эволюцию. Должность президента была упразднена уже в 1722 г., после чего первенствующий член из числа архиереев стал именоваться первоприсутствующим.