В осуществлении своих замыслов царь опирался на блестяще образованного украинского клирика Феофана (Прокоповича), в лице которого он нашел понятливого исполнителя и истолкователя своих желаний, не только услужливого, но и угодливого. В написанных Феофаном в 1718 г. проповеди «Слово о власти и чести царской» и трактате «Правда воли монаршей» в противовес византийскому принципу симфонии священства и царства была выдвинута основанная на теории естественного права идея майестата, т.е. абсолютного верховенства государева господства над всякой властью, включая церковную. Монарх, согласно Феофану, есть источник всякого закона – гражданского и церковного, тогда как сам он никаким законам не подлежит, следуя лишь Божьей воле, причем мерилом закона Божия является только он один.

Рассуждения Феофана как нельзя лучше соответствовали воззрениям Петра на отношения Церкви и государства. И царь привлек его для кардинального преобразования церковного управления. Проект коллегиального органа управления Русской Церковью по образцу учреждаемых в то время гражданских коллегий готовился два года и был представлен в феврале 1720 г. на утверждение Петру, который и утвердил «Духовный регламент» в январе следующего года. В соответствии с ним все верховные права «крайнего судии, правоверия и всякого в Церкви святой благочиния блюстителя» переходили к самодержавному государю, который формировал коллегиальный орган церковного управления из двух лиц, упраздняя возглавление Церкви соборно избранным патриархом.

Характерно, что если при учреждении патриаршества его необходимость обосновывалась усвоением русскими государями царской власти, то в петровскую эпоху наличие царя посчитали несовместимым с существованием патриарха, поскольку всякое независимое церковное управление, по мнению самодержца, умаляло его прерогативы. В «Духовном регламенте» подчеркивалось, что введение коллегиального церковного управления избавит страну от возможной смуты, которая неминуема в случае конфликта патриарха с царем.

Духовная коллегия была официально открыта в феврале 1721 г., получив наименование Святейший Правительствующий Синод. Тем самым коллегиальное церковное правительство приобрело равный статус с Правительствующим Сенатом, которому подчинялись все другие коллегии. Сам же Синод, возглавляемый президентом в сане митрополита, повиновался непосредственно царю, выступая в качестве постоянного Собора и коллегиального заместителя патриаршей власти. В «Прибавлении о правилах причта церковного и чина монашеского», принятого в 1722 г. в качестве дополнения к «Духовному регламенту», содержалась жесткая регламентация всех прав и обязанностей духовенства относительно государственной власти.

На приходских священников возлагались функции государственного контроля за благочестием и политической лояльностью прихожан, ради чего допустимо было идти на нарушение канонического правила о тайне исповеди. Была введена также клятвенная присяга духовенства на верность императору. Под особый контроль было поставлено монашество, которое вызывало у власти явное подозрение в стремлении избежать «государева тягла». Кроме того, вводились очень строгие правила пострижения в монахи, т.е. запрещалось принимать в монастыри мужчин до тридцати лет, а также лиц, находящихся на военной и гражданской службе, и крепостных крестьян без отпускного письма.