Сохранились комментарии на «Книгу пророка Захарии», принадлежащие Дидиму Слепцу, Феодору Мопсуестийскому, Кириллу Александрийскому, Феодориту Кирскому,  пресвитеру Исихию Иерусалимскому, Ипатию Эфесскому. Начиная с XVI в. многие комментаторы высказывали сомнения в том, что пророк Захария является автором всех 14 глав «Книги пророка Захарии». На основании того что в Евангелии от Матфея слова «и взяли тридцать сребреников, цену Оцененного, Которого оценили сыны Израиля» приписываются пророку Иеремии (Мф. 27:9), а не пророку Захарии (ср.: Зах. 11:12–13), английский библеист Дж. Мид (1586–1639 гг.) предположил, что значительная часть «Книги пророка Захарии» могла принадлежать другому автору. Его подход был далёк от историко-критического метода; напротив, стараясь доказать буквальную верность сообщения в Евангелии от Матфея, он отстаивал авторство пророка Иеремии для Зах. 9–11, в то время как первую часть «Книги пророка Захарии» в духе традиции считал принадлежащей пророку Захарии. Впоследствии главы 9–14 получили в науке наименование «Второ-Захария» («Deutero-Zechariah») в противопоставление «Перво-Захарии» («Proto-Zechariah»; главы 1–8). Большинство современных западных исследователей не считают пророка Захарию автором этих глав, реконструируя историю создания «Книги пророка Захарии» различными способами. В Зах. 1–8 неоднократно упоминаются лица и события, относимые к VI в. до н.э., а в Зах. 9–14 подобные упоминания отсутствуют (ни разу не говорится даже о самом пророке Захарии). Кроме того, стилистически и сюжетно главы 1–8, как считается, ближе к Книге пророка Аггея, чем к Зах. 9–14. Исследователи предпринимали попытки выделить этапы составления «Перво-Захарии». Самым ранним материалом в «Книге пророка Захарии» большинство учёных считают восемь видений Захарии (составляют основную часть Зах. 1:7 – 6:15), датируемых в тексте книги 24-м днём месяца шевата во второй год правления Дария (Зах. 1:7); традиционно считается, что это был январь 519 г. до н.э. Пророчества (Зах. 1:1–7, 14–17; 3:7–10; 4:6–10), призыв (Зах. 2:6–13) и приказание (Зах. 6:9–15) могли быть неотъемлемой частью первоначального текста или были добавлены позднейшим редактором. «Слово Господа к Зоровавелю» (Зах. 4:6–10), повеление о возложении венцов (Зах. 6:11–13) и рассказ об очищении «великого иерея» Иисуса и об облачении его в торжественные одежды (Зах. 3:1–10), по мнению многих учёных, адресованы иерусалимской общине и были добавлены к первоначальному тексту «Книги пророка Захарии», вероятно, самим Захарией. При этом дата, сообщаемая перед описанием видений (24-й день месяца шевата), может относиться к составлению окончательной редакции текста, в то время как восемь видений были записаны несколько раньше. Самая поздняя дата, упоминаемая в главах 1–8, – четвёртый день месяца хаслева в четвёртый год правления Дария (Зах. 7:1). Согласно одному из принятых в науке мнений, после этого момента (предположительно ноябрь 518 г. до н.э.) была начата работа над окончательной редакцией «Перво-Захарии»; эта работа должна была быть завершена к моменту освящения Иерусалимского храма в 516 г. до н.э.