Противники гипотезы Р. де Во указывали, прежде всего, на то, что вывод о Кумране как о центре ессейской аскетической общины делается им на основании некритической комбинации свидетельств письменных источников. О ессейской группе у Мёртвого моря говорил только Плиний, в то время как (согласно Филону Александрийскому и Иосифу Флавию) ессеи жили по всей Иудее (об их целибате упоминал только Плиний), тогда как Филон Александрийский и Иосиф Флавий сообщали о женатых ессеях. Кроме того, выводы о ессейской общине делались Р. де Во только с учётом опубликованных в 1950 гг. текстов, т.е. больших «сектантских» свитков из первой пещеры, а также двух больших свитков «Книги пророка Исаии». Тем не менее, интерпретация Р. де Во была принята многими учёными вплоть до 1980 гг. Многие по-прежнему полагают, что особенности памятника нельзя объяснить без привлечения «сектантской гипотезы», а связь Кумрана с рукописями Мёртвого моря очевидна и функциональна (Хартмут Штегеман, Ханан Эшель, Джоди Магнесс, Йорг Фрей, Х. Й. Фабри и многие другие). Так подходит к интерпретации имеющихся данных (вплоть до последних) классик ближневосточной археологии Эрик М. Майерс, один из редакторов «Энциклопедии рукописей Мёртвого моря». У этой гипотезы кроме научной есть и политическая составляющая: свитки Мёртвого моря и связанный с ними Кумран – составная часть национальной идеологии, возникшая в момент борьбы за создание государства Израиль (что отражено в знаменитом «Музее Книги» в Иерусалиме – хранилище и центре исследования рукописей). Дискуссии возобновились в конце 1980 – начале 1990 гг., были сформулированы гипотезы о функции поселения и его отношении к рукописям. Сложившийся образ кумранской библиотеки самым существенным образом изменился благодаря новым публикациям (прежде всего, Храмового свитка (1977 г.)), а также введению в оборот информации о фрагментах из четвёртой пещеры и открытию в 1991 г. доступа к фотографиям всех прежде не изданных рукописей. Акцент в дискуссии постепенно сместился с доминировавшей темы роли кумранских находок для понимания возникновения христианства на вопросы о галахе, культе и календаре. На это повлияли получившее распространение понимание многообразия жанров и тематики кумранской библиотеки, а также то, что только очень ограниченную часть её текстов можно рассматривать как связанную с определённой «сектантской» группой, в то время как множество (в том числе небиблейских) текстов возникло за пределами «общины» или имело своих более ранних носителей и попало в библиотеку Кумрана «извне».