Отдельное помещение, примыкавшее к башне, узкое и длинное, предназначалось для занятий небольшой группы: в нём найдены обломки трёх столов (длинного и двух коротких) из сырца и низкие скамьи вдоль стен. Р. де Во назвал его «скрипторий». Линии ограждавших поселение стен, слишком низких для обороны, определяли пространство поселения. Одна (север-юг, около 140 м) отделяла его от кладбища; вторая (восточная, 500 м) проходила от берега Вади-Кумрана до источника Айн-Фешха, образовывая обширный двор. Гипотезы исследователей, придававших этим линиям функции отделения священного от профанного, чистого от нечистого (восточная стена объединяет источник и поселение в одно «пространство шабата», и т.п.), основаны исключительно на трактовке Кумрана как сакрального центра и трудно доказуемы. В целом Кумран – небольшое поселение, которое в эпоху его расцвета характеризуют две особенности. Первая особенность – исключительное обилие резервуаров для воды: тщательно устроенные бассейны для омовений, отстойники и цистерны. Одна цистерна (4,9х19,6 м, глубина 5,3 м) вмещала 310 куб. м воды; круглая цистерна (длина 5,4 м, глубина 6 м) – 138 куб. м; прямоугольные бассейны со ступеньками (миквы?) вмещали по 25–26 куб. м воды каждая. Дождевая вода собиралась из Вади-Кумрана и с плато, попадала по каналу и акведуку во внешний резервуар и далее шла по внутреннему водоводу, наполняя семь – восемь или десять (в зависимости от интерпретации) купален, ограждённых и перекрытых деревом с обмазкой. Возле поселения вода скапливалась в большом отстойнике; были отстойники меньшего размера перед каждой цистерной. Исследователи предполагают, что купальни для омовений (миквы) отличаются от хозяйственных бассейнов своим устройством: посредине их ступеней проходит особая линия (или барьер), отделяющая чистых участников омовения от ещё нечистых. Исследователи считают, что многие ванны намеренно размещены в точках, где очищение было обязательным: возле входа в пищевые блоки, комнат с туалетами, мастерской гончара, у входа в поселение (с севера). Вместилища для воды занимают в Кумране существенно больше площади (17%), чем в любом другом поселении того времени. Вторая особенность – диспропорция между наличием развитой инфраструктуры и отсутствием жилых помещений. Система пространств общего пользования включала залы для собраний больших групп людей (до 120–130 человек); кладовую для посуды, где хранились тысячи предметов; кухни, где можно было готовить пищу на десятки человек; хранилища запасов и мастерские. Привычная для поселений башня с более поздним гласисом, севернее главного здания, имела не меньше двух – трёх ярусов. Р. де Во выделял также ямы-зернохранилища, хлебопекарню, кухню с несколькими очагами, стойла для вьючных животных, гончарные мастерские с печами для обжига, помещения для переработки сельскохозяйственной продукции, гигиенические устройства и ряд помещений неясного назначения. Однако в поселении, где, как полагают исследователи, единовременно собирались и работали 100–150 человек, практически отсутствуют спальни, как полагают большинство учёных, оно могло предоставить постоянное жильё не более чем 20–30 жителям.