В книге «Деяния святых апостолов» говорится о единодушии её членов и об обобществлении их имущества (Деян. 2:42–47; 4:32–35; 5:12–16), ближайшим аналогом чему является образ жизни кумранитов. Однако в отличие от них в «Деяниях святых апостолов» отмечаются посещение первыми христианами Иерусалимского храма и проповедь в синагогах. Ещё одна особенность, сближающая эти два течения, – ритуальные трапезы с использованием хлеба и вина. Первым предложил рассматривать раннехристианскую евхаристию в свете этих текстов К.Г. Кун. Однако этот аспект может служить, по мнению других исследователей, лишь дополнительным аргументом в пользу близости, т.к. ритуальные трапезы того или иного типа имели фундаментальное значение и для других религиозных групп периода Второго храма, а акцент на хлебе и вине может объясняться как влиянием общих ветхозаветных прообразов, так и этнокультурными особенностями. Одна из гипотез связывает с кумранитами происхождение епископского служения в церкви и самого термина «епископ». В кумранских рукописях упоминается «тот, кто надзирает [за чем-либо]». Его основными функциями были принятие в общину новых членов, забота о финансах и торговле, а также суд. Однако исследователи отмечают, что первые упоминания о христианских епископах происходят из диаспоры и связаны больше с общинами христиан из язычников, тогда как в первой иерусалимской общине употребление термина «епископ» не зафиксировано (исследователи встречают его только в более поздних источниках в качестве анахронизма). Отдельную проблему для исследователей составляет интерпретация в свете кумранских рукописей такого раннехристианского памятника, как «Дидахе», происходящего, вероятно, из Сиро-Палестинского региона. Из всего корпуса литературы периода Второго храма исследователи считают наиболее близким к «Дидахе» по жанру кумранский «Устав общины». Дискуссионным остаётся вопрос о связи Иакова, брата Господня, с ессеями, поскольку, по свидетельству Егесиппа, он именовался «Праведным» и не только исполнял обряды назорейства (Числ. 6:1–21), но и отказывался от употребления масла и мытья в бане, носил лишь льняную одежду и непрестанно молился в храме. Ношение льняных одежд указывает на степень ритуальной чистоты, которая требовалась от первосвященника и священников при служении в храме (Лев. 6:10; 16:4, 23, 32; Иез. 44:15–21; ср.: воздержание от вина при входе в скинию в Лев. 10:9), а отказ от масла и бань – на следование ессейскому обычаю. На этом основании некоторые исследователи предлагают рассматривать Иакова в качестве альтернативного («чистого») первосвященника или священника-садокита, что в большей мере согласуется с идеологией кумранитов, чем с раннехристианским учением. Согласно наиболее радикальной гипотезе Р. Айзенмана, Иаков был не только самопровозглашённым первосвященником, вступившим в конфликт с саддукейским первосвященником, но и тем самым «Учителем праведности», о котором идёт речь в кумранских текстах. Однако для доказательства своей гипотезы Р. Айзенману пришлось передатировать основные кумранские рукописи, с чем не согласились большинство экспертов.