В 1888 г. Рудольф Киттель получил приглашение занять должность ординарного профессора Ветхого Завета в Бреслау (ныне Вроцлав, Польша). Как отмечает К.Х. Бернхардт, это произошло после того, как переговоры Рудольфа Киттеля о поступлении на аналогичную должность в Тюбингене остались безрезультатными из-за неприятия Рудольфом Киттелем уже признанной тогда многими теории Графа-Велльгаузена. В этот период Рудольфа Киттеля поддерживал авторитетный библеист и востоковед Кристиан Фридрих Август Дилльман, который также не принимал теорию Графа-Велльгаузена. Рудольф Киттель помогал К.Ф.А. Дилльману в переработке шестого издания его комментария к книге пророка Исаии (1898 г.) для серии «Краткое экзегетическое руководство по Ветхому Завету». В Бреслау Рудольф Киттель перевёл Книгу Судей Израилевых, первую и вторую книги Царств, книгу Руфь, вошедшие в издание Библии под редакцией Эмиля Фридриха Кауча («Die Heilige Schrift des Alten Testaments», 1894 г.); составил комментарии к третьей и четвёртой книгам Царств (1900 г.); подготовил к публикации текст книги Паралипоменон, вошедший в так называемую Радужную Библию, в которой теория источников нашла своё графическое отображение: каждому источнику соответствовал свой цвет шрифта. В 1898 г. Рудольф Киттель переехал в Лейпциг, где стал профессором Ветхого Завета. Одна из важных работ, написанных в Лейпциге, – «Две академические лекции по богословию Ветхого Завета», в первой части которой Рудольф Киттель продолжил отстаивать свою умеренно-консервативную позицию, её суть заключалась в принятии историко-критического метода с некоторыми ограничениями, «диктуемыми христианскому исследователю Библии его верой». Вторая часть этой работы посвящена исторической интерпретации Второисаии (см. в ст. Исаии пророка книга); Рудольф Киттель выдвинул гипотезу, к которой он неоднократно возвращался впоследствии: прообразом «Раба Господня» (см.: Ис. 42:19; 49:6; 50:10; 52:13; 53:11) является историческое лицо эпохи Вавилонского плена – некий человек, казнённый вавилонскими или персидскими властями как еврейский мессия. В Лейпциге Рудольф Киттель основал семинар по Ветхому Завету, чтобы вовлечь студентов в научную работу. Ветхозаветный семинар оказался весьма успешным и действовал долгие годы. В 1902 г. Рудольф Киттель выпустил работу «О необходимости и возможности нового издания еврейской Библии». В ней была сформулирована грандиозная программа критического издания древнееврейского текста Библии: планировалось воссоздать текст Библии, каким он был в IV в. до н.э., т.е. до создания Септуагинты и до разделения текстуальной традиции Ветхого Завета на три ветви: протомасоретскую, александрийскую и самаритянскую; текст должен был быть представлен в виде эклектического издания с критическим аппаратом, в который включались бы все чтения textus receptus, не вошедшие в основной эклектический текст.