В отличие от генизы синагоги Бен Эзры караимская гениза, судя по характеру документов (в основном, это книги большого формата, достаточно полные по составу, среди них много литературных памятников), функционировала скорее, как библиотека (исследователи полагают, что в неё были перемещены библиотечные собрания из других караимских синагог). Исследователям известно, что Авраам Фиркович осматривал и собирался приобрести документы из «палестинской» синагоги Бен Эзры, но из-за нехватки времени и средств сделка не состоялась. Из Каира он увёз в Крым бóльшую часть караимских рукописей. В 1876 г., спустя два года после его смерти, коллекция была выкуплена императорской Публичной библиотекой (в настоящее время около 10 тыс. документов из караимской генизы находится в составе собрания Авраама Фирковича в Российской национальной библиотеке). Поскольку Авраам Фиркович купил и вывез лишь те караимские рукописи, которые ему казались наиболее ценными, оставшиеся документы позже попали в западные книгохранилища и там были объединены с документами из Каирской генизы. На протяжении бóльшей части XX в. коллекция Авраама Фирковича была практически недоступна для западных исследователей, и многие учёные полагали, что документы из караимской синагоги Дар-Симха происходят из Каирской генизы. Доступ к архиву синагоги Бен Эзры европейские учёные получили только в конце XIX в. В 1889 г. обрушилась крыша синагоги. Община приняла решение о полной реконструкции здания. Пока шли ремонтные работы (до 1892 г.), содержимое Каирской генизы было сложено во дворе под открытым небом, так что египетские торговцы древностями имели возможность приобретать любые рукописи за небольшую плату. Археолог граф Р. де Хюльст (около 1855 – 1920 гг.), который неподалёку проводил раскопки римской крепости, сообщил об этом в Фонд (ныне Общество) исследования Египта (Лондон, Великобритания) и просил найти специалиста по еврейской палеографии для оценки рукописей. Затем он отправил несколько документов в Бодлианскую библиотеку Оксфорда (долгое время их происхождение оставалось неизвестным, по документам они проходили как «египетские» фрагменты, всего 93 рукописи; 212 листов). Быстрого ответа из Фонда и Оксфорда не последовало, а работы Р. де Хюльста в Египте были приостановлены по жалобе археолога Уильяма Мэттью Флиндерса Питри, утверждавшего, что намеченные графом раскопки в Дейр-эль-Бахри могут разрушить античный памятник. В это же время документы из Каирской генизы стали появляться у торговцев древностями. В 1891 г. несколько рукописей было приобретено Сайрусом Адлером, который вывез их в США (в настоящее время хранятся в библеотеке Пенсильванского университета). Наиболее активно документы из Каирской генизы скупал египтолог и собиратель древностей Г.Дж. Честер. Приобретённые рукописи он перепродавал Бодлианской библиотеке (всего 991 рукопись; 4802 листа). После скоропостижной кончины Г.Дж. Честера в 1892 г. по просьбе оксфордского учёного и библиотекаря Альфреда Нойбауэра приобретением документов занялся ассириолог А.Г. Сайс (всего библиотека выкупила у него 1068 документов; 2769 листов).