Исследователи отмечают, что в данных рассказах наряду с аутентичными отрывками присутствуют и повествования легендарного характера, относящиеся к более поздним векам. Согласно ряду указаний, за несколько десятилетий до разрушения Иерусалимского храма Йоханнан бен Заккай предсказал данное событие. Сведения Талмуда о бегстве Йоханана бен Заккая из осаждённой римлянами столицы исследователи считают неоднозначными: наиболее распространённая в традиции версия, изложенная в четырёх основных вариантах, сводится к тому, что Иошуа бен Ханания и Элиезер бен Гиркан, распустив слухи о смерти своего учителя, вынесли его тело за пределы Иерусалима в гробу. Параллельно существует предание о беседе Йоханнана бен Заккая с полководцем Веспасианом, сохранённое в Талмуде и в произведениях Иосифа Флавия, но достоверность его исследователи считают спорной. Согласно преданию, Йоханнан бен Заккай произнёс пророчество о падении Иерусалима и о восшествии Веспасиана на императорский престол. В ответ полководец пообещал мудрецу выполнить любую его просьбу, и тот попросил помиловать главу Синедриона Шимона бен Гамалиила и его семью, а также разрешить создание академии в городе Ямния, которая должна была стать духовным центром еврейского мира. Несмотря на возможные сомнения в датировке этого события и подлинности самого рассказа, исследователям известно, что новая римская власть дала разрешение на осуществление идеи Йоханнана бен Заккая, и вскоре местная иешива стала в отсутствие разрушенного храма центральным органом управления еврейского мира. Через некоторое время академия была преобразована в Ямнийский Синедрион, где началась работа по окончательному отбору, редактированию и кодифицированию текстов Танаха. Сам Йохаг=ннан бен Заккай в годы после разрушения Иерусалима стал общепризнанным лидером еврейства. В новых условиях он пытался обосновать идею о превосходстве в иудаизме нравственного начала над культовым, ввиду чего храмовое богослужение с жертвоприношениями должно было уступить место изучению Торы. Перед смертью Йоханнан бен Заккай способствовал избранию на должность главы Ямнийского Синедриона раббана Гамалиила II. Йоханнан бен Заккай стал единственным таннаем не из рода Гиллеля, который удостоился титула «раббан».