В то же время идеи Ибн Гебироля вызвали резкую критику со стороны доминиканцев, прежде всего, Альберта Великого и Фомы Аквинского, которые опасались влияния мусульманской и еврейской философии на христианство. В частности, Фома Аквинский не признавал, что духовные субстанции состоят из материи, и отрицал, что одна материальная сущность может заключать в себе всё многообразие форм. Исследователи полагают, что Ибн Гебироль ставил перед собой задачу согласовать характерное для неоплатонизма учение об эманации с богословием иудаизма, однако его влияние на еврейскую мысль было не столь существенным, как на христианскую. Хотя его концепция Божественной воли устраняла опасность пантеизма, которая кроится в идее неоплатонической эманации, а представление о единой универсальной материи отвечало монотеистическим принципам иудаизма, еврейские мыслители относились к идеям Ибн Гебироля с подозрением, поскольку он не опирался на собственно иудейскую традицию комментирования Священного Писания и раввинистические тексты. Концепция эманации считалась не согласующейся с учением о творении, а в понимании Ибн Гебироля Божественной воли и универсальной материи отмечали много противоречий. В то же время некоторые еврийские философы XII в. положительно отзывались об идеях Ибн Гебироля (Моисей Ибн Эзра, Авраам Ибн Эзра). Творчество Ибн Гебироля, прежде всего, его учение об эманации, оказало влияние на испанскую каббалу XIII в., которая в значительной степени опиралась на традиции еврейского мистицизма I тыс. н.э. («Литература Чертогов», «Книга Творения» и др.), в свою очередь, сильно повлиявшие на формирование идей философа. В эпоху Возрождения интерес к взглядам Ибн Гебироля усилился как у христианских, так и у еврейских интеллектуалов (Ицхак Абарбанель, Иехуда Абарбанель, Моше Альмоснино, Иехуда Шломо Дельмедиго и др.). Ибн Гебироль известен и как автор этического трактата «Исправление свойств души» («Китаб ислах ал-алхак»), также написанного им по-арабски в 1045 г. по просьбе друзей; он сохранился в переводе на иврит Иехуды ибн Тиббона («Тикун мидот а-нефеш»). Эту книгу исследователи находят весьма оригинальной: Ибн Гебироль попытался систематически изложить принципы этики вне всякого отношения к религиозным догматам, особенно подчёркивая взаимную зависимость и важность физического и психологического фактора для этического поведения. Он выстроил схему добродетелей и пороков, связанных с определёнными органами чувств: каждый орган чувств является инструментом, посредством которого проявляются четыре качества души – два добродетельных и два порочных (например, зрению соответствуют гордость, кротость, стыдливость и бесстыдство).