В понятие Торы Илия включал не только письменный, но и устный закон, т.е. традицию галахи, а также каббалу. Стремясь привлечь внимание к сравнительно мало изучавшемуся в мире ашкеназского еврейства Иерусалимскому Талмуду и галахическим источникам, Илия пытался возродить обычаи и предписания, уже давно не применявшиеся на практике. Светские науки интересовали Илию не сами по себе, но именно в той мере, в какой они могут помочь пониманию Торы. В этом было отличие Илии от еврейских просветителей-маскилим; он не выступал против них открыто, поскольку в то время они ещё не призывали к отказу от соблюдения предписаний галахи. Илия полагал, что в Торе, универсальном источнике всякого знания, сокрыты и истины научного мировоззрения, а потому задача настоящего учёного – их обнаружить. Данные науки могут помочь прояснить те места в Писании и Талмуде, которые не понятны в наши дни; в частности, именно с этой целью по его предложению был сделан перевод на иврит сочинений Иосифа Флавия как ценного источника сведений о жизни евреев в древности, а также работ Евклида. Пренебрежение светскими науками, распространённое среди раввинов, он называл проявлением невежества, позорящего само имя народа Израиля. Илия высоко ценил музыку и медицину, был автором сочинений по математике, географии, астрономии, работ о движении планет и составлении календарей. Однако основную свою задачу он видел в пояснении сложных и малопонятных мест в Талмуде посредством установления правильных прочтений. Илия боролся против казуистических приёмов интерпретации, преподававшихся в иешивах, заявляя, что простое прочтение является наиболее точным и осмысленным (именно поэтому он считал комментарии Раши лучшим пособием для изучения Талмуда). Основываясь на тщательном филологическом исследовании источников, предпринимая сравнительный анализ текста с учётом тонкостей грамматики и синтаксиса иврита и арамейского языка и во многом предвосхищая современные методы критического изучения текста, Илия внёс многочисленные исправления и добавления во многие раввинистические и каббалистические сочинения. Его отрицательное отношение к казуистической тонкости метода пилпул также было связано с желанием выявить первоначальную редакцию различных мест Талмуда, а тем самым и галахи. Особое внимание он уделял проблеме пропусков и лакун в тексте Талмуда, применяя в таких случаях собственный экзегетический метод. Тот же метод, т.е. использование прямого смысла в сочетании с экзегетическими разъяснениями, Илия применял и при комментировании каббалистических текстов, таких как «Сефер ха-бахир» («Книга блеска»), «Сефер ха-Зохар» («Книга сияния») и др. В данном случае его особой заботой было показать, что тексты каббалы ни в чём не противоречат талмудическим; если же разногласия между ними всё-таки были существенными, он объяснял их неверным прочтением или неправильным пониманием соответствующих слов Талмуда или каббалы.