Среднебронзовый период Гезера завершается страшной катастрофой, от которой по всей поверхности остался почти метровый слой обгорелого кирпича. Дату разрушения определяет керамика переходных форм от эпохи средней к поздней бронзе. Археологические следы катастрофы предварительно связывают с первой кампанией Тутмоса III (около 1482 г. до н.э.). Начало фаз IA и IB позднебронзового века (XV в. до н.э.) представлено слабо. Начало фазы IIA поздней бронзы содержит следы бурного оживления, связанного с египетским доминированием в Палестине в амарнский период. Слой XVI плохо сохранился, к нему относится «дворец» с тщательно сложенными толстыми стенами. Есть вещи из Египта (фрагменты фаянсовых кубков амарнского периода, стеклянные бусы, подвески из фаянса, скарабеи, фрагменты золотой фольги, подставка статуэтки с именем Собек-нефру-анх). Местная продукция представлена отходами плавки меди и отлично сохранившейся бронзовой скульптурой змеи. К этому периоду относится сооружение «внешней стены». Она прошла по руинам «внутренней стены» эпохи средней бронзы, но спустилась ниже по склону холма, расширив город на четверть. Фаза IIB периода поздней бронзы характеризуется упадком Гезера и концом амарнского периода, но серьёзных разрушений в слое XVI нет, однако его архитектурная линия прерывается, и новые здания, следы которых содержатся в слое XV, строят уже с иной ориентацией. В слое XV (конец XIII в. до н.э.) отмечены следы разрушения жилых построек, обилие керамики и артефактов, а также следы пожаров. Его соотносят с разгромом, о котором Мернептах сообщает на знаменитой стеле Израиля около 1210 г. до н.э. В слое XIV отсутствуют ожидаемые свидетельства разрушения, т.к. в начале XII в. до н.э. происходит вторжение филистимлян, но Гезер мог быть разрушен и опустошён раньше, возможно, коленами Израилевыми; библейская традиция утверждает, что Гезер не был завоёван (Нав. 16:10; Суд. 1:29). Фаза I раннего железного века (слои XIII–XI, филистимский период) представлена особенно ярко. Главные архитектурные элементы и местная крашеная керамика обнаруживают преемственность, но есть и примеры иных влияний. В начале XII в. до н.э. разрушили, а затем восстановили большое общественное зернохранилище, после второго разрушения в середине XII в. его опять забросили. Два больших дома с внутренними двориками на верхней террасе уничтожены пожаром в конце XII в. до н.э., восстановлены, вновь уничтожены и, наконец, отстроены с утратой качества. Их оставили в середине XI в. до н.э.