Беф-Сан был отстроен и надёжно защищён только в позднем бронзовом веке (1600–1200 гг. до н.э.), когда Палестина попала под власть Египта. В серии ханаанских храмов, в скульптуре и эпиграфике заметно египетское влияние. Архитектура 1600–1400 гг. до н.э. резко отличается от предыдущей эпохи: большое здание храма имеет обширный, открытый внутренний двор, по периметру которого располагались толстостенные прямоугольные помещения, с востока – ряд комнат с алтарём. Египетское присутствие нарастает в XIII в. до н.э. Крепость перепланировали по новой схеме: значительно перестроен храм, сооружены «дом коменданта», большое хранилище для зерна, в юго-восточном секторе – общественные здания и улицы с плотно стоящими домами. Храм с колонным передним двором и комнатой с алтарём, к которому вели ступени, построен по аналогии с египетскими храмами Нового царства. На этом уровне собрано больше вещей в египетском стиле, чем на любом памятнике эпохи поздней бронзы в Палестине, но также найдены изделия местных мастеров. Надписи (например, на стеле архитектора Аменемопета, посвящённой «Богу Мекалу, владыке Беф-Сана») не оставляют сомнений в том, что город превратился в военный и торговый форпост египтян на северной границе Палестины. В отличие от большинства палестинских городов-государств Беф-Сан не избежал разрушения в конце позднебронзовой эпохи (около 1200 г. до н.э.). В начале железного века прямо над разрушенным был построен новый храм, почти не отличавшийся от него по плану; не изменился и общий план города. Эпохе XIX и XX династий Египта соответствует серия могил на Северном кладбище (около 1307 – 1070 гг. до н.э.). В них помещали большие антропоидные гробы-саркофаги, некоторые с гротескными изображениями человеческих лиц с высокими причёсками и в головных уборах. Около 1150 – 1100 гг. до н.э. (или в Х в. до н.э.) Беф-Сан был разрушен, возможно, филистимлянами, но появление их керамики и замена египто-ханаанских храмов относится только к 1000–800 гг. до н.э., на их месте были возведены два длинных культовых здания, во дворах которых были открыты статуя Рамсеса III и монументальные стелы Сети I и Рамсеса II, посвящённые богу Ра, а в интерьере – стела одного из местных ханаанских божеств. В надписях на стелах сообщается об обороне Беф-Сана войсками фараонов от соседних городов и народов (в том числе, возможно, евреев). В северном и южном храмах найдено много керамических «стендов» цилиндрической формы, украшенных лепными фигурками змей и птиц, имевших, по-видимому, культовое назначение.