Внутренняя доктрина была доступна лишь посвященным, занимающим высшие позиции в иерархии исмаилитов, и состояла из двух частей: аллегорическое истолкование Корана и системы философии, содержащей в себе элементы иудейского и христианского вероучений, а также мистики и магии (хакаика). Аль-Кеддах говорил, что каждое слово Корана имеет двойной смысл – очевидный и скрытый, причем извлечение скрытого текста из явного не менее важно, чем открытие священного текста пророком. Согласно доктрине исмаилитов, молиться Аллаху нельзя, поскольку он не имеет ни определенного образа, ни свойства, ни качества и вследствие этого непознаваем для людей. Он утверждал, что процесс миротворчества распадается на несколько этапов, и еще в самом начале Верховный Бог усилием воли выделил из Себя творящую субстанцию – Мировой Разум. Этот Разум в идеальной форме содержал в себе весь план мироздания, но и он не был его творцом, а в свою очередь произвел из себя низшую эманацию – Мировую Душу. Пророк, или натик («говорящий»), есть отражение Мирового Разума в чувственном мире. Свое откровение он получает непосредственно от Бога. Однако проповеди пророков, изложенные в священных книгах, имеют еще и скрытый смысл, недоступный пониманию рядового верующего. Для разъяснения тайного смысла их учения каждый пророк имеет при себе помощника – самита («молчащего»), являющегося воплощением Мировой Души, которая выступает низшей эманацией Мирового Разума. Если натик раскрывает человечеству сущность волевых актов Мирового Разума, то миссия самита – разъяснять смысл слов пророка и осуществлять его заветы. Так, Моисей, Иисус, Мухаммад были натиками, а, соответственно, Аарон, апостол Петр, халиф Али – самитами. Всего Бог явил миру семь пророческих циклов, шесть из которых завершились приходом на землю шести пророков: Адама, Ноя, Авраама, Моисея, Иисуса и Мухаммада. Пророк седьмого цикла – аль-Каим («Стоящий», «Возвышающийся») – прибудет на землю непосредственно перед концом мира, который должен наступить тогда, когда человечество при помощи натиков-пророков, самитов-помощников и имамов (носителей высшего знания, восходящего через пророков к Мировому Разуму) достигнет совершенного познания. Тогда зло, которое есть не что иное, как незнание, исчезнет, и мир вернется к своей первопричине – Мировому Разуму. Культ священной семерки и учение о Мировом Разуме перекликаются здесь с брахманизмом. Учение исмаилитов предполагало семь степеней познания, причем высшие из них были доступны лишь немногим посвященным. Для подавляющего большинства сторонников суть учения сводилась к ожиданию Махди с его царством высшего истинного знания и пути к спасению. Согласно учению исмаилитов, человек появился на земле во исполнение определенного назначения, составляющего смысл его существования: человек должен воспринять «Божественную Истину», которая приносится ему пророками. Исмаилиты верили в переселение душ и полагали, что после смерти душа либо попадает в рай (это состояние толковалось как достижение совершенного познания), либо в ад (где костенела в невежестве). Однако душа находится там только определенное время, после чего возвращается на землю, чтобы приобрести здесь знание под руководством имама. Но главное значение аль-Кеддаха для истории ислама заключалось все-таки не в разработке этого вероучения. Его подлинным созданием многие исследователи считают исмаилитскую церковь – разветвленную и могущественную организацию, с помощью которой он надеялся добиться очень амбициозной цели: объединить весь мусульманский мир (а затем и все человечество) в единое мусульманское царство, возглавляемое имамом-мессией, наполнить землю правосудием, справедливостью и установить «золотой век».