Соперничество ан-Насира и мамлюков продолжалось до 1256 г., когда по настоянию аббасидского халифа противники примирились перед лицом монгольского вторжения, которое нанесло последний удар Айюбидам. В январе 1260 г. армия Хулагу-хана разгромила Халеб. Не принимая боя, ан-Насир бежал из Дамаска, и город в марте 1260 г. открыл ворота монгольскому нойону Кит-буге, влиятельному христианину (из среднеазиатских несториан), во многом определявшему антимусульманские настроения Хулагу. Местное христианское население, впервые за 600 лет увидев во главе Дамаска своего единоверца, активно поддержало монголов, и после разгрома армии Кит-буги мамлюками в битве при Айн-Джалуде (сентябрь 1260 г.) в Дамаске произошёл погром христиан. Султан ан-Насир, после нескольких месяцев скитаний попавший в руки монголов и увезённый в Тебриз, после получения ханом известия о поражении и гибели Кит-буги был казнён вместе с другими плененными айюбидскими эмирами. Мамлюки, установившие контроль над Сирией, вернули часть уделов уцелевшим Айюбидам, но теперь они правили уже как вассалы мамлюков (в Хомсе до 1262 г., в Хаме до 1341 г.). Религиозная политика Айюбидов была в целом типичной для мусульманского Востока того времени. Христиане и иудеи сохраняли важные позиции в торговле, финансах, культуре, администрации, хотя подвергались давлению мусульманской среды и ощущали растущую нетерпимость, спровоцированную Крестовыми походами. Салах ад-Дин начал своё правление с гонений на коптов – увольнения христиан с государственной службы, введения для них отличительной одежды, наложения тяжёлых штрафов. Многие копты уступали своё имущество арабам, чтобы получить их покровительство; другие ради сохранения высокого социального статуса принимали ислам. В 1173 г. Салах ад-Дин отправил карательную экспедицию против коптов Верхнего Египта и христианского государства в Нубии. Мусульманская армия разрушила несколько городов и укреплённых монастырей, увела в плен многих жителей, в том числе монофизитского епископа. Однако после побед над крестоносцами Салах ад-Дин, укрепивший своё положение, вернулся к политике веротерпимости: копты восстановили свои позиции в экономике и администрации и в конце XII – первой половине XIII вв. играли заметную роль в окружении айюбидских султанов. После овладения Иерусалимом и изгнания из города латинян Салах ад-Дин, умело играя на противоречиях крестоносцев и восточных христиан, передал последним святые места, ранее принадлежавшие католикам. Именно тогда египетские копты получили во владение участок в храме Воскресения (Гроба Господня), принадлежащий им до настоящего времени. Византийское правительство, используя дружественные отношения с Айюбидами (что определялось наличием общих врагов – крестоносцев и Сельджукидов), пыталось добиться передачи мест поклонения в безраздельную собственность православной церкви, однако Салах ад-Дин отклонил это притязание, а впоследствии даже допустил пребывание в Иерусалиме несколько латинских клириков. Султан стремился играть роль верховного арбитра в спорах христианских конфессий за обладание святыми местами. Правление Айюбидов было одной из героических эпох в истории мусульманского мира. Салах ад-Дин в глазах позднейших арабских и европейских хронистов превратился в эпического героя, «рыцаря без страха и упрёка», хотя отношение к нему современников было не столь однозначным. При Айюбидах в Египте и Сирии произошёл относительный подъём экономики, торговой активности и культурного творчества, сложились многие формы государственной организации, унаследованные позднейшими поколениями.