На Жировицком капитуле 1675 г. Киприан Жоховский гарантировал невмешательство во внутренние дела ордена. В соответствии с новыми принципами управления протоархимандритом ордена был избран Пахомий Огилевич, который раньше являлся провинциалом или генеральным викарием митрополита по делам василиан. Однако в 1679 г. капитул избрал нового протоархимандрита Стефана Мартишкевича-Бусинского, который стремился к полной независимости от униатского митрополита, что не могло не противоречить интересам Киприана Жоховского. На капитуле в Минске 1683 г., где собрались лишь сторонники митрополита, Киприан Жоховский потребовал вновь избрать себя протоархимандритом и вернуть прежнюю практику управления василианами. Одновременно он попытался отстранить пожизненно избранных консульторов ордена и его генерального секретаря. Последние обратились в Рим с жалобой на действия митрополита и добились в курии отмены решений Минского капитула. Папский престол обязал Киприана Жоховского и василиан провести новый капитул для избрания протоархимандрита с участием папского нунция в Речи Посполитой. В марте 1684 г. без участия нунция и вопреки его прямому запрету сторонники Киприана Жоховского провели в Новогрудке капитул, но он также был признан в Риме незаконным, а результаты прошедших на нём выборов были аннулированы. При поддержке Яна Собеского в 1685 г. униатские епископы во главе с Киприаном Жоховским направили в Рим письмо, в котором отстаивали подчинение ордена епископату и выражали протест против латинизации василианами восточного обряда. В 1686 г. в Новогрудке Опцио Паллавиччини, папский нунций в Речи Посполитой, подготовил новый капитул василиан, принявший решение поручить управление орденом протоархимандриту, которого следует избирать из простых монахов (митрополиту и епископам воспрещалось возглавлять орден). Митрополит сохранял за собой право назначать настоятелей ряда крупных униатских монастырей и делегировать монахов ордена в помощь себе или епископам. Киприан Жоховский проявил значительную активность в деле организации издательской деятельности. В 1683 г. на совещании у папского нунция в Варшаве по его инициативе было принято решение начать издание богослужебных книг для униатов, для чего была создана специальная литургическая комиссия под его руководством. Митрополит намеревался создать отдельную униатскую типографию, выбрав для этого Супрасльский монастырь, но встретил сопротивление со стороны настоятеля и братии обители. Лишь после смерти в 1691 г. архимандрита Иосифа Михневича Киприан Жоховский получил возможность устроить в Супрасльском монастыре типографию, но не успел довести задуманное до конца. В 1695 г., через два года после его смерти, в Супрасльской типографии было закончено печатание униатского Служебника, начатое Киприаном Жоховским ещё в типографии виленских василиан. Впоследствии этим Служебником как авторитетным изданием пользовалась униатская церковь.